Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000311`

染色体: Chr08 坐标: 2186917-2191563 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000311`
名称	SmilChr08G000311
描述	protein NLP2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	2186917 - 2191563 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999903`
GeneID	`130999903`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999903`
原始查询	`LOC130999903`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NLP2-like
产物	protein NLP2-like
Arabidopsis	`AT2G43500` (AT2G43500) Plant regulator RWP-RK family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818951] identity=48.5; qcov=0.808; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0495800` - identity=45.7; qcov=0.751; evalue=1.39e-165; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00564 (PB1); PF02042 (RWP-RK); PF22922 (GAF_NLP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781578.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781578.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781578.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057781578.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057781578.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:2188155`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,C28,C9
`Chr8:2188195`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B5
`Chr8:2188195`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B5
`Chr8:2188197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr8:2188251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:2188261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B55
`Chr8:2188323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:2188371`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr8:2188537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr8:2188544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B140
`Chr8:2188564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B20,C82
`Chr8:2188582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781578.1

842 aa

421

842

GAF_NLP

RWP-RK

PB1

PF22922 GAF_NLP 299-481 aa PF02042 RWP-RK 552-622 aa PF00564 PB1 747-825 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781578.1`	Pfam	`PF22922`	GAF_NLP	Domain	299	481	5.9e-77	257.8	NLP protein GAF domain
`XP_057781578.1`	Pfam	`PF02042`	RWP-RK	Domain	552	622	3.8e-25	88.5	RWP-RK domain
`XP_057781578.1`	Pfam	`PF00564`	PB1	Domain	747	825	2.7e-14	53.6	PB1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925595.1
GCATAGAATCTTTCACAAAAAAGTGTTTTACATTAATAGCCATTCCTCTTTTGAATTAAGTTGGGATATTTTCGAGCTCACAAAATTCTACGATAAAGCCAATTAATGCCAGTAGCGGTTATCTCTGTCTCTTTCTCGTCACCCTCCGCCGTCAAGCTCCACCGCGCCGCCGCCAGGATGCTCTTCTCGTCGTAGCTATTTCAACTTCTGAAGCCTTTGGAAGGGGTGTTTGGTTGATCTAGGAAAGGTAGATTTGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999903
ATGGAGGTAATGCCAAGGGGGTGGATGGATGATATGGACCTAGTACAAATGGATAATGTTGTGCAAGCCATGAATCTGGATAATTCATTTAGTAATGTTTCTGATCTCATGAATTTTGATGCATATGCTCAATGGTGCGACAACCCTTATAATTTAGTTGAGCCGATGAATCCCTCTTTCATCTCGTCCCCGCTTAGTAGCACGTGTGCAAGTTTTTCACCTTACAACGGGTTGAACTTCATTAGTTCAAATGATTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781578.1
MEVMPRGWMDDMDLVQMDNVVQAMNLDNSFSNVSDLMNFDAYAQWCDNPYNLVEPMNPSFISSPLSSTCASFSPYNGLNFISSNDSGIPIVDDGDVMENSSFSRDQLVFPIDSSDHGVGKLVIPRPLMLPLAERMLRVMYLLKESSIEGTLAQIWVPVKSGNEYILSTREQPCLSDHQLSGYREVSQLFTFSIESKPDSFLGLPGRVFTSKTPEWTSNVMYYNKTEYMRIKHAVDHEVRGSIALPIFEDDSLERPCCAVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器