当前解析结果
SmilChr08G000320| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000320 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000320 |
| 描述 | kirola-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 2234998 - 2236696 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999910 |
|---|---|
| GeneID | 130999910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999910 |
| 原始查询 | LOC130999910 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kirola-like |
| 产物 | kirola-like |
| Arabidopsis | AT1G70830 (MLP28)MLP-like protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843420] identity=42.8; qcov=1; evalue=7.16e-42; confidence=medium |
| Rice | Os04g0465600- identity=25; qcov=0.895; evalue=1.19e-11; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781589.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057781589.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781589.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781589.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781589.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:2235211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C28,C9 |
Chr8:2235218 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr8:2235237 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B86,C13 |
Chr8:2235255 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,B4,D8 |
Chr8:2235293 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,C6 |
Chr8:2235311 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D3 |
Chr8:2235311 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:2235357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr8:2235446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | A13,B11,B22,B51,B54,B97,C22,C26,C34,C46,C83,D3 |
Chr8:2236497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,C23 |
Chr8:2236529 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B39,C17,C23 |
Chr8:2236569 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781589.1PF00407
Bet_v_1 4-150 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781589.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 4 | 150 | 2.6e-35 | 122.3 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。