当前解析结果
SmilChr01G004154| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004154 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004154 |
| 描述 | CRIB domain-containing protein RIC7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 60059485 - 60062271 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999913 |
|---|---|
| GeneID | 130999913 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999913 |
| 原始查询 | LOC130999913 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | CRIB domain-containing protein RIC7-like |
| 产物 | CRIB domain-containing protein RIC7-like |
| Arabidopsis | AT4G28556 (RIC7)PAK-box/P21-Rho-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770548] identity=44.6; qcov=0.714; evalue=6.27e-26; confidence=medium |
| Rice | Os07g0446000 (P0030H06.108)- identity=49; qcov=0.436; evalue=7.59e-20; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00786 (PBD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999913 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057781596.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781596.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057781596.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057781596.1 |
| 5 | Focal adhesion | Focal adhesion | 0.20000 | XP_057781596.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:60061929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B78,B79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781596.1PF00786
PBD 30-61 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781596.1 |
Pfam | PF00786 |
PBD | Domain | 30 | 61 | 1.6e-05 | 25.8 | P21-Rho-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。