当前解析结果
SmilChr08G000324| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000324 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000324 |
| 描述 | kirola-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 2268602 - 2270591 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999914 |
|---|---|
| GeneID | 130999914 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999914 |
| 原始查询 | LOC130999914 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kirola-like |
| 产物 | kirola-like |
| Arabidopsis | AT1G70890 (MLP43)MLP-like protein 43 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843427] identity=46; qcov=1; evalue=1.17e-40; confidence=medium |
| Rice | Os04g0465600- identity=29.2; qcov=0.901; evalue=5.41e-10; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999914 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057781593.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781593.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781593.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781593.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781593.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:2268961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B42,B43 |
Chr8:2269089 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 30 | A24,A8,A9,B110,B128,B134,B34,B35,B36,B49,B58,B62,B64,B85,B99,C17,C18,C21,C29,C3,C34,C5,C58,C59,C65,C80,C87,C9,D1,D4 |
Chr8:2270241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr8:2270253 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,B44 |
Chr8:2270377 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A13,A19,B108,B136,B19,B21,B75,C12,C38,C41,C64,C66,C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781593.1PF00407
Bet_v_1 4-150 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781593.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 4 | 150 | 8.7e-42 | 143.3 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。