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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000363

染色体: Chr08 坐标: 2508892-2510434 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000363
名称SmilChr08G000363
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g07740, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2508892 - 2510434 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999956
GeneID130999956
locus_tag-
NCBI NameLOC130999956
原始查询LOC130999956

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g07740, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g07740%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G07740 (AT1G07740)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837288]
identity=53.5; qcov=0.996; evalue=5.59e-169; confidence=high
RiceOs05g0548600
-
identity=43.5; qcov=0.831; evalue=5.83e-104; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999956

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057781650.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781650.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781650.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781650.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781650.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2508998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B74,C22,C46,C8
Chr8:2509015 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B97
Chr8:2509158 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C25
Chr8:2509158 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C25
Chr8:2509281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C38
Chr8:2509352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:2509355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B21,C20,C51
Chr8:2509385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,B88
Chr8:2509406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:2509460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B24,B68,B80,C49
Chr8:2509481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:2509550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B12,B68,B80,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781650.1
462 aa
N
1
231
462
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 124-146 aa PF01535 PPR 156-184 aa PF13812 PPR_3 182-234 aa PF13041 PPR_2 188-229 aa PF01535 PPR 190-219 aa PF12854 PPR_1 219-251 aa PF13041 PPR_2 222-270 aa PF01535 PPR 225-254 aa PF12854 PPR_1 258-286 aa PF13041 PPR_2 258-306 aa PF01535 PPR 260-290 aa PF13812 PPR_3 281-339 aa PF13041 PPR_2 295-341 aa PF01535 PPR 296-325 aa PF12854 PPR_1 324-356 aa PF13041 PPR_2 327-376 aa PF01535 PPR 330-360 aa PF01535 PPR 403-429 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 124 146 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 156 184 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 182 234 2.3e-26 92.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781650.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 188 229 3.2e-63 210.3 PPR repeat family
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 190 219 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 219 251 1e-46 157.0 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 222 270 3.2e-63 210.3 PPR repeat family
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 225 254 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 258 286 1e-46 157.0 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 258 306 3.2e-63 210.3 PPR repeat family
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 260 290 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 281 339 2.3e-26 92.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057781650.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 295 341 3.2e-63 210.3 PPR repeat family
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 296 325 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 324 356 1e-46 157.0 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 327 376 3.2e-63 210.3 PPR repeat family
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 330 360 5.1e-47 155.6 PPR repeat
XP_057781650.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 403 429 5.1e-47 155.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925667.1
GACACTTTTGCATCTCTCTCTCTCTCTCTGCATCCGTTTTCAATCGTTTCATCATCATGATAAATCCACGATTCAAGCTCGCCACTTTCAAGCTGCAAAACCAGTTGCACAAATTGATACACTCTAATCACATCCATGGCAACGCTCGCATCAAACCCAGAAAAGCACCACGGCCTCACAAGTTCACAAGAAATCAGCTCCGACCACCCATCCCGTTTCTCGACCATCTCAAACAATGCACGAACCCCGACGAATTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999956
ATGATAAATCCACGATTCAAGCTCGCCACTTTCAAGCTGCAAAACCAGTTGCACAAATTGATACACTCTAATCACATCCATGGCAACGCTCGCATCAAACCCAGAAAAGCACCACGGCCTCACAAGTTCACAAGAAATCAGCTCCGACCACCCATCCCGTTTCTCGACCATCTCAAACAATGCACGAACCCCGACGAATTCCTCTCCGCTTTCAACGATTTCAACGAGATGGGCTACAAGCACGACTACCCTTCTTACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781650.1
MINPRFKLATFKLQNQLHKLIHSNHIHGNARIKPRKAPRPHKFTRNQLRPPIPFLDHLKQCTNPDEFLSAFNDFNEMGYKHDYPSYASLIYKLARARRFDDVDAVLDYIRSRDIRCGEPMFIGLIRHYGKADLIDKAIETFREMGKSYNCARTTQSFNTILNVLVDGGRIPDAIELFAKGPKMGFRLNSVSYNVMIKMWLGNNDWENAMKVFDEMLEREVEPTFVTYNSQIGFLCKRGEIDEAKGLFEGMRGKGRRGNAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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