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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004160`

染色体: Chr01 坐标: 60090743-60094309 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004160`
名称	SmilChr01G004160
描述	heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60090743 - 60094309 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999972`
GeneID	`130999972`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999972`
原始查询	`LOC130999972`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
产物	heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
Arabidopsis	`AT4G14300` (AT4G14300) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827071] identity=56.5; qcov=0.595; evalue=7.36e-81; confidence=medium
Rice	`Os10g0470900` (RBPJ) - identity=59.2; qcov=0.518; evalue=1.02e-80; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF16367 (RRM_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999972

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781672.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781672.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057781672.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781672.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781672.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60091285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr1:60093869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B104,B68,B93
`Chr1:60093983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:60094043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:60094082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781672.1

398 aa

199

398

RRM_7

RRM_1

RRM_7

RRM_1

PF16367 RRM_7 8-75 aa PF00076 RRM_1 10-76 aa PF16367 RRM_7 111-179 aa PF00076 RRM_1 114-179 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781672.1`	Pfam	`PF16367`	RRM_7	Domain	8	75	1.2e-17	64.4	RNA recognition motif
`XP_057781672.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	10	76	4.6e-34	116.8	RNA recognition motif
`XP_057781672.1`	Pfam	`PF16367`	RRM_7	Domain	111	179	1.2e-17	64.4	RNA recognition motif
`XP_057781672.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	114	179	4.6e-34	116.8	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925689.1
AATTGTGAAATAACCAAATCACAAAATATTGAAATTTTCGAAAAACTGAACAAATAAGAGGAAAATTTACAAAAGGGTCAGGAAAACGAAGTCGTTTGTACGTGCACAGCGTGGAAACGGTGTCGTTTGTGAGCGCATCGCGGGATGGTGCCCTAATAAGGGCAAGCAGCGAATCTGAAGTCGAGATTGAATTCTCACGCACAACACGCACTGATGGACTCTTTCACCGACGAGGCGAAGCTCTTCATCGGCGGCATAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999972
ATGGACTCTTTCACCGACGAGGCGAAGCTCTTCATCGGCGGCATAGGCTGGGACACAACGGAGGAGCGGCTGAGAGACCATTTCAGCCGCTATGGTGAGGTTGCTCACGCCGTCGTCATGCGCGACAGAGTCACCTCTCAACCCCGCGGCTTCGGCTTCGTCGTCTTCTCCGATCCCTCCGTTATCCCCTCCGTCCTCCAGCAAACGCACAACATCGACGGCCGTACCGTTGAAGCTAAGAGAGCCATGTCAAGAGAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781672.1
MDSFTDEAKLFIGGIGWDTTEERLRDHFSRYGEVAHAVVMRDRVTSQPRGFGFVVFSDPSVIPSVLQQTHNIDGRTVEAKRAMSREQQQTLKTGSNSGTGGNFVGSDNLKSKKIFVGGLPSTLTEDEFRGYFQDFGSVTDVVIMYDSNTGRPRGFGFISFTTEDSVDRVLQKTFHELKGKLVEVKRALPKDAVTGAGSRGSSRGYGSNFSSNESYNSPLGSSRMLQQSQPTNGGYQPNQPTSGGYQQTQPTSGGYPPYSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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