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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000389

染色体: Chr08 坐标: 2725545-2729947 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000389
名称SmilChr08G000389
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g05700
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2725545 - 2729947 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999980
GeneID130999980
locus_tag-
NCBI NameLOC130999980
原始查询LOC130999980

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g05700
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g05700
ArabidopsisAT1G05700 (AT1G05700)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837077]
identity=34.5; qcov=0.962; evalue=2.59e-69; confidence=low
RiceOs05g0524500
-
identity=33.7; qcov=0.953; evalue=1.48e-61; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF12819 (Malectin_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057781677.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057781677.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057781677.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781677.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781677.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2725747 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 31 A13,A15,A16,A2,B100,B101,B106,B109,B126,B136,B139,B14,B21,B25,B30,B42,B43,B61,B63,B66,B82,C16,C20,C24,C3,C33,C38,C40,C48,C54,C6
Chr8:2725837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B9,C32,C45,C68,C78
Chr8:2725845 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr8:2725845 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 D10
Chr8:2725848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C19
Chr8:2725857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C9
Chr8:2726401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr8:2726703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A2,B106,B139,B63
Chr8:2726731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B93
Chr8:2726904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C17,C4
Chr8:2726907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B36,B41,C9
Chr8:2726943 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781677.1
527 aa
N
1
264
527
Malectin_like
C
PF12819 Malectin_like 27-346 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781677.1 Pfam PF12819 Malectin_like Domain 27 346 6.9e-70 236.6 Malectin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925694.1
TAATTGATTTTCGAGGACAACGATCCTATTCCGAAATAATAAAGAAAAAAAATTCTGATTTCTCTACTATAAATTGACTTCAAAAATTGTGAAGAGTAATTCGATCGAATTCATCCAATCCAAGCATGGCTAAACTGCCACTAATCTCGTGCCTCCTCTTATCTCTCTGCAGTTTATCTCTATCAGCAAACGTTTTCATCAGCATCGACTGCGGCTCATCGGCGTCGTACAGGGACGAGAACGGAATCTCATGGACCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999980
ATGGCTAAACTGCCACTAATCTCGTGCCTCCTCTTATCTCTCTGCAGTTTATCTCTATCAGCAAACGTTTTCATCAGCATCGACTGCGGCTCATCGGCGTCGTACAGGGACGAGAACGGAATCTCATGGACCGGCGACGACGAGTACGTCCGCACGGGCGAGTCCCGCTCCGTGCAGCCGTCGAGCTCCTACAGCCGCGTGGCGGACACGCTGCGCGTGTTCCGGAACCAGACCAAGCACTGCTACGAGATCGGCGGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781677.1
MAKLPLISCLLLSLCSLSLSANVFISIDCGSSASYRDENGISWTGDDEYVRTGESRSVQPSSSYSRVADTLRVFRNQTKHCYEIGGVKQGRVLVRATFFYGNYDGRNSPPVFDLLFDGYYWGWVNNTGPTPSRHEVVYTTTKPSISVCVSQDYEGQFPYINAIEVRSLEPSMYGALGVYRDSYSLFTRKRVAFGTNATIRFPEDPYDRLWRPDPFMNGSVQVTSDARLSGGIVLADRPPRAVLKNAVTGPTLNSTIDFNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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