当前解析结果
SmilChr08G000389| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000389 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000389 |
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g05700 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 2725545 - 2729947 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999980 |
|---|---|
| GeneID | 130999980 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999980 |
| 原始查询 | LOC130999980 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g05700 |
| 产物 | probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g05700 |
| Arabidopsis | AT1G05700 (AT1G05700)Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837077] identity=34.5; qcov=0.962; evalue=2.59e-69; confidence=low |
| Rice | Os05g0524500- identity=33.7; qcov=0.953; evalue=1.48e-61; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12819 (Malectin_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999980 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057781677.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057781677.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057781677.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781677.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781677.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:2725747 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 31 | A13,A15,A16,A2,B100,B101,B106,B109,B126,B136,B139,B14,B21,B25,B30,B42,B43,B61,B63,B66,B82,C16,C20,C24,C3,C33,C38,C40,C48,C54,C6 |
Chr8:2725837 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B9,C32,C45,C68,C78 |
Chr8:2725845 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr8:2725845 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:2725848 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C19 |
Chr8:2725857 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,C9 |
Chr8:2726401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:2726703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,A2,B106,B139,B63 |
Chr8:2726731 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B93 |
Chr8:2726904 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,C17,C4 |
Chr8:2726907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B36,B41,C9 |
Chr8:2726943 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781677.1PF12819
Malectin_like 27-346 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781677.1 |
Pfam | PF12819 |
Malectin_like | Domain | 27 | 346 | 6.9e-70 | 236.6 | Malectin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。