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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000393

染色体: Chr08 坐标: 2755113-2755818 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000393
名称SmilChr08G000393
描述uncharacterized SmilChr08G000393
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2755113 - 2755818 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999985
GeneID130999985
locus_tag-
NCBI NameLOC130999985
原始查询LOC130999985

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831166]; symbol=AT5G02640; hit=AT5G02640; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831166]; symbol=AT5G02640; hit=AT5G02640; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G02640 (AT5G02640)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831166]
identity=49.1; qcov=1.26; evalue=9e-37; confidence=medium
RiceOs05g0120300
-
identity=34.1; qcov=1.66; evalue=2.2e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781681.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057781681.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781681.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781681.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781681.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2755276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr8:2755296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B136,C62,C80
Chr8:2755305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B41,B55,B80,C51,C62
Chr8:2755308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B44,C48,C61,D7
Chr8:2755327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B81,C47
Chr8:2755432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B26,C14
Chr8:2755435 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B20
Chr8:2755435 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B20
Chr8:2755498 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C82
Chr8:2755498 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C82
Chr8:2755521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:2755527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925698.1
ATCAGGCGTGCGCTTTCTTCTTGCACTAATATTTGATTCTCTTTTCTTTTTATGTTTAAATTTAAACTCATCGTTTTATTTATTTCAGTCCAGCAACAAGGTAACGCCTACAAACTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATCAAAATCTGCGGCGGCGGAGCGACGATGGCCTCCGGCTGCATATCGAGCTGCGTGGACGACGCGCGCGTGCCGGTGAGAGCCAGCTACGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999985
ATGGCCTCCGGCTGCATATCGAGCTGCGTGGACGACGCGCGCGTGCCGGTGAGAGCCAGCTACGTGAACCTCTACAAATGGCCGGAATCCGACTTCGAGTTCGTGAGGTCTATGAGCTCCAAATCTCGCGGCGGCGGCGGCGGAAGGCAGCCGAGAGTTGTGGACAGCATCTCATGCAGGCAAATGTATTTGAGAAGCTACACATTTTCGAGGGAAGAAGATTACAAAGACGACAAGGCATCGCTCAAGTGTCTAGGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781681.1
MASGCISSCVDDARVPVRASYVNLYKWPESDFEFVRSMSSKSRGGGGGRQPRVVDSISCRQMYLRSYTFSREEDYKDDKASLKCLGRGRGKPPADAAGKRRKPKSATCSAFTYIFRRLLSCTTEIDVAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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