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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000434

染色体: Chr08 坐标: 3113979-3118998 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000434
名称SmilChr08G000434
描述interactor of constitutive active ROPs 3
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3113979 - 3118998 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000022
GeneID131000022
locus_tag-
NCBI NameLOC131000022
原始查询LOC131000022

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述interactor of constitutive active ROPs 3
产物interactor of constitutive active ROPs 3
ArabidopsisAT5G60210 (RIP5)
ROP interactive partner 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836143]
identity=42; qcov=1.06; evalue=2.62e-123; confidence=medium
RiceOs05g0122600
-
identity=38.9; qcov=1.1; evalue=1.86e-95; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF27682 (ICR5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057781737.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057781737.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057781737.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781737.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781737.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3114144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,C87
Chr8:3114149 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 5 A14,B136,B54,B65,C81
Chr8:3114149 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 5 A14,B136,B54,B65,C81
Chr8:3114154 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 A14,B136,B54,B65,C81
Chr8:3114154 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 A14,B136,B54,B65,C81
Chr8:3114159 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 A14,B136,B54,B65,C81
Chr8:3114159 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 A14,B136,B54,B65,C81
Chr8:3114234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B129,B3,B42,C40
Chr8:3114264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:3114427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B7,C6
Chr8:3114433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B66,C55
Chr8:3114435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C57,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781737.1
592 aa
N
1
296
592
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 426-528 aa
XP_057781738.1
592 aa
N
1
296
592
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 426-528 aa
XP_057781739.1
592 aa
N
1
296
592
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 426-528 aa
XP_057781740.1
591 aa
N
1
296
591
ICR5_C
C
PF27682 ICR5_C 425-527 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781737.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 426 528 3.9e-17 63.7 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057781738.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 426 528 3.9e-17 63.7 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057781739.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 426 528 3.9e-17 63.7 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain
XP_057781740.1 Pfam PF27682 ICR5_C Domain 425 527 3.8e-17 63.7 Interactor of constitutive active ROPs 5 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925754.1
AAAACGACAAGTGTGGATGTCGTCGTATATCCCAAATTTTTTGTCTTAAACTCTATCTAATGAAGCACACTTCCACACACCCCACCCACTCACATGAAATTACCCCCACCATTCGCCTTGAAAATCGAGCTCCTTCCCCCACTAACAATGGCTTCTTTTTTCTTCCAAAAATGCCTCTAAATTCTTCTGCTGCAGCGCAACATTAATTCCAGCTTCTCTTTTCCAACATTTTCTTGTGTTGCAGGTTGTGTGGTAGGAGG...
XM_057925757.1
ACACTTCCACACACCCCACCCACTCACATGAAATTACCCCCACCATTCGCCTTGAAAATCGAGCTCCTTCCCCCACTAACAATGGCTTCTTTTTTCTTCCAAAAATGCCTCTAAATTCTTCTGCTGCAGCGCAACATTAATTCCAGCTTCTCTTTTCCAACATTTTCTTGTGTTGCAGGTTGTGTGGTAGGAGGCATTTAAGGAGCTCAAGCCGTTTTCTTTTACTACATTGAATTTACTCTAGTTAAGAATATGCAGAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000022
ATGCAGACCCCTAAAGCAAGAGGCAGTCCCTCCAGCGCGCCCCAGAAGAGCTCTCCTCGATCAATTTCATCAGAGGCTTCTCTAAAAAGCTCGTCCCCTCAAGCCGCTTCCTCGGAGAAGGTTTCGCCTAAAGTGGTGCGTCAGCTCAAGACAGGTCCCCGTTTCTTAGACCCTACCGCGTCTTCATCCAACCAAGCGAGCCGAGCACCAAAAGAGAGAAGTCCTAAAGTAGCCGAACACAAATCCCCTAGAAGCCCGCT...
LOC131000022
ATGCAGACCCCTAAAGCAAGAGGCAGTCCCTCCAGCGCGCCCCAGAAGAGCTCTCCTCGATCAATTTCATCAGAGGCTTCTCTAAAAAGCTCGTCCCCTCAAGCCGCTTCCTCGGAGAAGGTTTCGCCTAAAGTGGTGCGTCAGCTCAAGACAGGTCCCCGTTTCTTAGACCCTACCGCGTCTTCATCCAACCAAGCGAGCCGAGCACCAAAAGAGAGAAGTCCTAAAGTAGCCGAACACAAATCCCCTAGAAGCCCGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057781737.1
MQTPKARGSPSSAPQKSSPRSISSEASLKSSSPQAASSEKVSPKVVRQLKTGPRFLDPTASSSNQASRAPKERSPKVAEHKSPRSPLSEKKRPSKVPELESQISQLEHDLKVVKDQLISTEAQKKQAQKDAEESNQQLLSLSLKLEELQKQLSEEQESGIQFELEAIKKKSSHESAALASALDEIEQLKLQIETVAESEATQSKNLESEQSDLLKLKENLTETLLIVEEMKQQVMHSKESEAEAQALVGETLLQLETAKK...
XP_057781738.1
MQTPKARGSPSSAPQKSSPRSISSEASLKSSSPQAASSEKVSPKVVRQLKTGPRFLDPTASSSNQASRAPKERSPKVAEHKSPRSPLSEKKRPSKVPELESQISQLEHDLKVVKDQLISTEAQKKQAQKDAEESNQQLLSLSLKLEELQKQLSEEQESGIQFELEAIKKKSSHESAALASALDEIEQLKLQIETVAESEATQSKNLESEQSDLLKLKENLTETLLIVEEMKQQVMHSKESEAEAQALVGETLLQLETAKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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