Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000451

染色体: Chr08 坐标: 3199262-3210701 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000451
名称SmilChr08G000451
描述E3 SUMO-protein ligase SIZ1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3199262 - 3210701 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000039
GeneID131000039
locus_tag-
NCBI NameLOC131000039
原始查询LOC131000039

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 SUMO-protein ligase SIZ1-like
产物E3 SUMO-protein ligase SIZ1-like
ArabidopsisAT5G60410 (SIZ1)
DNA-binding protein with MIZ/SP-RING zinc finger, PHD-finger and SAP domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836163]
identity=58.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0125000 (SIZ1)
-
identity=48.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016925 (protein sumoylation); GO:0061665 (SUMO ligase activity)
KEGG-
PfamPF02037 (SAP); PF02891 (zf-MIZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781758.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057781758.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781758.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781758.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781758.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3202780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr8:3204016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,B99,C59
Chr8:3205172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C14
Chr8:3205862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C71
Chr8:3205886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr8:3206030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr8:3206511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr8:3207504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:3208261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr8:3208581 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C67
Chr8:3208581 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C67
Chr8:3208699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781758.1
870 aa
N
1
435
870
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781759.1
870 aa
N
1
435
870
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781760.1
870 aa
N
1
435
870
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781761.1
870 aa
N
1
435
870
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781762.1
870 aa
N
1
435
870
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781763.1
839 aa
N
1
420
839
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781764.1
839 aa
N
1
420
839
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781765.1
839 aa
N
1
420
839
SAP
zf-MIZ
C
PF02037 SAP 14-42 aa PF02891 zf-MIZ 357-405 aa
XP_057781767.1
797 aa
N
1
398
797
zf-MIZ
C
PF02891 zf-MIZ 284-332 aa
XP_057781768.1
707 aa
N
1
354
707
zf-MIZ
C
PF02891 zf-MIZ 194-242 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781758.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.7e-07 30.3 SAP domain
XP_057781758.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.4e-20 71.6 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781759.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.7e-07 30.3 SAP domain
XP_057781759.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.4e-20 71.6 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781760.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.7e-07 30.3 SAP domain
XP_057781760.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.4e-20 71.6 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781761.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.7e-07 30.3 SAP domain
XP_057781761.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.4e-20 71.6 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781762.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.7e-07 30.3 SAP domain
XP_057781762.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.4e-20 71.6 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781763.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.5e-07 30.4 SAP domain
XP_057781763.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.2e-20 71.7 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781764.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.5e-07 30.4 SAP domain
XP_057781764.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.2e-20 71.7 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781765.1 Pfam PF02037 SAP Domain 14 42 3.5e-07 30.4 SAP domain
XP_057781765.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 357 405 5.2e-20 71.7 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781767.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 284 332 5e-20 71.7 MIZ/SP-RING zinc finger
XP_057781768.1 Pfam PF02891 zf-MIZ Domain 194 242 5.6e-20 71.6 MIZ/SP-RING zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925778.1
TTAGTAGTATATTATATTTAATCTTAATTTGCAATTGATTTCCTTCGTTGGAATTGGTGAAAATCCACAATTTATGCCTTCTTTAGATATATACTGGTGGCGTGGACCGGGAAGCAGCCAAGCAGAACCCGGACGTATTCGCAGCGAATAAACCGAATTCACAACACCGGTGATACGTCCGGAAATTTGGTAGGTTCTCACCTTTCCGGCTGCTTTTTTTGGGGCAAAATTAAACACACACCAACACCTTCCAGTGTGTG...
XM_057925777.1
AATTGATTTCCTTCGTTGGAATTGGTGAAAATCCACAATTTATGCCTTCTTTAGATATATACTGGTGGCGTGGACCGGGAAGCAGCCAAGCAGAACCCGGACGTATTCGCAGCGAATAAACCGAATTCACAACACCGGTGATACGTCCGGAAATTTGGTAGGTTCTCACCTTTCCGGCTGCTTTTTTTGGGGCAAAATTAAACACACACCAACACCTTCCAGTGTGTGGATTCTCGCGAGAGATTCGGGGAGAGGCGACG...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131000039
ATGGACGTAGTGGCTGGCTGCAAGGACAAATTAGCATATTTTCGGATTAAGGAGCTTAAGGATGTCCTTACACAACTTGGGCTTCATAAGCAGGGAAAGAAGCAGGACCTTGTTGATCGAATATTGGCCATTCTTGCTGATGATCGAGGAACCTGGGCCAAGAAGAATGCTGTTGGAAAGGATGAAGTGGCAAAGCTCATTGATGACACGTACAGAAAAATGCAAATCTCTGGGGCGCCTGACTTGGCATCAAAATCCCA...
LOC131000039
ATGGACGTAGTGGCTGGCTGCAAGGACAAATTAGCATATTTTCGGATTAAGGAGCTTAAGGATGTCCTTACACAACTTGGGCTTCATAAGCAGGGAAAGAAGCAGGACCTTGTTGATCGAATATTGGCCATTCTTGCTGATGATCGAGGAACCTGGGCCAAGAAGAATGCTGTTGGAAAGGATGAAGTGGCAAAGCTCATTGATGACACGTACAGAAAAATGCAAATCTCTGGGGCGCCTGACTTGGCATCAAAATCCCA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057781758.1
MDVVAGCKDKLAYFRIKELKDVLTQLGLHKQGKKQDLVDRILAILADDRGTWAKKNAVGKDEVAKLIDDTYRKMQISGAPDLASKSQGLSDGTKVKPKEEIVDSNHRDTIRCLCGNSLPTDSMIKCEDPRCNVWQHIACVVIPEKPMDDVLHSPPKTFYCEICRLSRADPFLVSIANPLYPVKLNITSVPADGSNPALSIEKTFQLTRADKDLLLKQEYDVQAWCMLLNDKVTYRMQWPQYADLQVNGVPVRAINRPGSQ...
XP_057781759.1
MDVVAGCKDKLAYFRIKELKDVLTQLGLHKQGKKQDLVDRILAILADDRGTWAKKNAVGKDEVAKLIDDTYRKMQISGAPDLASKSQGLSDGTKVKPKEEIVDSNHRDTIRCLCGNSLPTDSMIKCEDPRCNVWQHIACVVIPEKPMDDVLHSPPKTFYCEICRLSRADPFLVSIANPLYPVKLNITSVPADGSNPALSIEKTFQLTRADKDLLLKQEYDVQAWCMLLNDKVTYRMQWPQYADLQVNGVPVRAINRPGSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器