Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000455`

染色体: Chr08 坐标: 3257450-3261938 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000455`
名称	SmilChr08G000455
描述	prefoldin subunit 1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3257450 - 3261938 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000045`
GeneID	`131000045`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000045`
原始查询	`LOC131000045`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	prefoldin subunit 1
产物	prefoldin subunit 1
Arabidopsis	`AT2G07340` (PFD1) PREFOLDIN 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815304] identity=74.2; qcov=1; evalue=4.13e-67; confidence=high
Rice	`Os02g0462900` - identity=61.6; qcov=0.57; evalue=1.4e-28; confidence=medium
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006457 (protein folding); GO:0016272 (prefoldin complex); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG	-
Pfam	PF01920 (Prefoldin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057781777.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057781777.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057781777.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057781777.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781777.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3258495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C57
`Chr8:3258552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr8:3259014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C20
`Chr8:3259042`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B73,B8,C17
`Chr8:3259051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C73,D6
`Chr8:3261647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B19,B44,C55
`Chr8:3261659`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr8:3261672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B99
`Chr8:3261712`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B1,B13
`Chr8:3261712`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B1,B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781777.1

128 aa

128

Prefoldin_2

PF01920 Prefoldin_2 13-115 aa

XP_057781778.1

128 aa

128

Prefoldin_2

PF01920 Prefoldin_2 13-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781777.1`	Pfam	`PF01920`	Prefoldin_2	Coiled-coil	13	115	5.9e-20	71.9	Prefoldin subunit
`XP_057781778.1`	Pfam	`PF01920`	Prefoldin_2	Coiled-coil	13	115	5.9e-20	71.9	Prefoldin subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925794.1
ATAATACTAATATGCTATCGCCGTTTCCCCTAATTCAGAGTAAGATAAATTTTACCCCTCTCGCACGCTCGCCGCCGTTCAGCTGCGCGCCACCGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGTTCAGCTCTTTTACTTGAAGAAGATAAAGGAGTTGTCTAGTAACTCTTATTCAGAGAGTTTAGCTACATCAACAAGCAGAGGACAATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGA...

XM_057925795.1
ATAATACTAATATGCTATCGCCGTTTCCCCTAATTCAGAGTAAGATAAATTTTACCCCTCTCGCACGCTCGCCGCCGTTCAGCTGCGCGCCACCGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGTTCAGCTCTTTTACTTGAAGAAGATAAAGGAGTTGTCTAGTAACTAGAGTTTAGCTACATCAACAAGCAGAGGACAATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGAGACCACTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131000045
ATGGCAGACGAAGCGATCAGAAGTGCATTTCTTGAAATTCAAAGTCGGATGATTGAGACCACTGCGAAGTTAAAGCAGGTCCAGAATCAGCTGCGAAATAAAGAAGGGGAGAAGAAGCGTGCTTACTTGACTTTGGAGGAACTTAAGCTGCTATCTGACGATACAAATACTTACAAATCTATCGGGAGAACGTTTATTTTGGAGCCAAAATCATCTCTGATGGAAGAACAAGAAGGAAAGCTTAGGGATAGTGAAGCTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781777.1
MADEAIRSAFLEIQSRMIETTAKLKQVQNQLRNKEGEKKRAYLTLEELKLLSDDTNTYKSIGRTFILEPKSSLMEEQEGKLRDSEAAISSLQTSKEYLEKQMAEIENNLRELLQQDPALARQIMAMSV

XP_057781778.1
MADEAIRSAFLEIQSRMIETTAKLKQVQNQLRNKEGEKKRAYLTLEELKLLSDDTNTYKSIGRTFILEPKSSLMEEQEGKLRDSEAAISSLQTSKEYLEKQMAEIENNLRELLQQDPALARQIMAMSV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器