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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000465

染色体: Chr08 坐标: 3320577-3323314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000465
名称SmilChr08G000465
描述putative B3 domain-containing protein Os04g0347400
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3320577 - 3323314 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000053
GeneID131000053
locus_tag-
NCBI NameLOC131000053
原始查询LOC131000053

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative B3 domain-containing protein Os04g0347400
产物putative B3 domain-containing protein Os04g0347400
ArabidopsisAT5G66980 (AT5G66980)
AP2/B3-like transcriptional factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836832]
identity=23.1; qcov=1.09; evalue=7.72e-10; confidence=weak
RiceOs04g0347400
-
identity=27.8; qcov=0.342; evalue=4.48e-08; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding)
KEGG-
PfamPF02362 (B3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000053

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781793.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781793.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781793.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781793.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057781793.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3321597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr8:3322159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B10,B74,C12
Chr8:3322294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:3322312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B8
Chr8:3322323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B65,C64,C66,C85,D11
Chr8:3322332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:3322371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B122,C38,C87
Chr8:3322388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,D5
Chr8:3322392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B66,B68,B94,C58
Chr8:3322457 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B120
Chr8:3322457 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B120
Chr8:3322496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,C64,C66,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781793.1
303 aa
N
1
152
303
B3
B3
C
PF02362 B3 27-98 aa PF02362 B3 210-295 aa
XP_057781794.1
295 aa
N
1
148
295
B3
B3
C
PF02362 B3 28-90 aa PF02362 B3 202-287 aa
XP_057781795.1
263 aa
N
1
132
263
B3
B3
C
PF02362 B3 8-58 aa PF02362 B3 170-255 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781793.1 Pfam PF02362 B3 Domain 27 98 1.8e-26 92.7 B3 DNA binding domain
XP_057781793.1 Pfam PF02362 B3 Domain 210 295 1.8e-26 92.7 B3 DNA binding domain
XP_057781794.1 Pfam PF02362 B3 Domain 28 90 6.3e-26 91.0 B3 DNA binding domain
XP_057781794.1 Pfam PF02362 B3 Domain 202 287 6.3e-26 91.0 B3 DNA binding domain
XP_057781795.1 Pfam PF02362 B3 Domain 8 58 3.5e-25 88.6 B3 DNA binding domain
XP_057781795.1 Pfam PF02362 B3 Domain 170 255 3.5e-25 88.6 B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925811.1
CCGCTTTTTTTCTTCCTTCTTCCCCACCCAGCCCACTTTTTTTCTTCTCTGCAACTTGCTTCTCTTTTTCTCCCCCATCTAATTTCTTGCTCTTCACAGCCTTCGTCCTCTTCACAGCATTTTTCTTTTTTTTGTTTAATCGCGCGTGGAACGCACGATTACCCCTATCTCCCCCCAAGCACCGGTGCTAAGCTTCGCCGCGGCTTCGACCCAGCCGAGGTCTCCAACGCGGCAGCCCCTCCAGCGACCCGGATCGACGC...
XM_057925810.1
CTTTTTTTCTTCCTTCTTCCCCACCCAGCCCACTTTTTTTCTTCTCTGCAACTTGCTTCTCTTTTTCTCCCCCATCTAATTTCTTGCTCTTCACAGCCTTCGTCCTCTTCACAGCATTTTTCTTTTTTTTGTTTAATCGCGCGTGGAACGCACGATTACCCCTATCTCCCCCCAAGCACCGGTGCTAAGCTTCGCCGCGGCTTCGACCCAGCCGAGGTCTCCAACGCGGCAGCCCCTCCAGCGACCCGGATCGACGCGGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000053
ATGAAGAGGAGCAGAAGAAGTCATGTTGCCAAATCTCTCCCAATGGAAGAGGAGTTAAGCTTCTTCAAGGTCATTTCAACATCTCAAAAAATGGAATTCCCTCCAGATAGTGTTGCAAAGATGCAAGGAGTTCTAGGCAGCAGAGTTACCCTCAGAGATGCCCACAAAAAATTGTGGACAGTAGAGGTGGAAAGAGGTGAAAATGGCTTCTATTTTGACAAGGGGTGGCCTCAATTTTATCTTGAAAATGATTTGGAGCC...
LOC131000053
ATGAAGAGGAGCAGAAGAAGTCATGTTGCCAAATCTCTCCCAATGGAAGAGGAGTTAAGCTTCTTCAAGGAATTCCCTCCAGATAGTGTTGCAAAGATGCAAGGAGTTCTAGGCAGCAGAGTTACCCTCAGAGATGCCCACAAAAAATTGTGGACAGTAGAGGTGGAAAGAGGTGAAAATGGCTTCTATTTTGACAAGGGGTGGCCTCAATTTTATCTTGAAAATGATTTGGAGCCCAATGATGTTGTGGCGTTCGAATA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781793.1
MKRSRRSHVAKSLPMEEELSFFKVISTSQKMEFPPDSVAKMQGVLGSRVTLRDAHKKLWTVEVERGENGFYFDKGWPQFYLENDLEPNDVVAFEYKHGELLDFRLFGRDACQKFGVKEDAEDEDEDEDEDYEVVCMSKNKAKSNKGLSSIHTSSKRRVEEEEIEMKMKESKSRSSPSSSSLRHDINDYYGHDIFGSGRAIRPKNPYFVSRSRKSRKNELHIPNHLIEEGKLKIESRMLMEDASGRRWESMIKKWKDGRVW...
XP_057781794.1
MKRSRRSHVAKSLPMEEELSFFKEFPPDSVAKMQGVLGSRVTLRDAHKKLWTVEVERGENGFYFDKGWPQFYLENDLEPNDVVAFEYKHGELLDFRLFGRDACQKFGVKEDAEDEDEDEDEDYEVVCMSKNKAKSNKGLSSIHTSSKRRVEEEEIEMKMKESKSRSSPSSSSLRHDINDYYGHDIFGSGRAIRPKNPYFVSRSRKSRKNELHIPNHLIEEGKLKIESRMLMEDASGRRWESMIKKWKDGRVWCTRGWKRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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