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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000483

染色体: Chr08 坐标: 3460001-3463084 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000483
名称SmilChr08G000483
描述uncharacterized SmilChr08G000483
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3460001 - 3463084 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000073
GeneID131000073
locus_tag-
NCBI NameLOC131000073
原始查询LOC131000073

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836193]; symbol=AT5G60720; hit=AT5G60720; species=arabidopsis; confidence=high
产物electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836193]; symbol=AT5G60720; hit=AT5G60720; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G60720 (AT5G60720)
electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836193]
identity=45.8; qcov=1.11; evalue=7.35e-153; confidence=high
RiceOs03g0859900
-
identity=40; qcov=1.01; evalue=3.92e-104; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04784 (DUF547); PF14389 (Lzipper-MIP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000073

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781819.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057781819.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781819.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781819.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3460186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:3460192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C82
Chr8:3460304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:3460352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B36,C10
Chr8:3460370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:3460373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:3460541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,D8
Chr8:3460545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B24,C6,C76
Chr8:3461084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:3461087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr8:3461554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,C70,C75,D3
Chr8:3461620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B55,B63,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781819.1
486 aa
N
1
243
486
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 9-50 aa PF04784 DUF547 283-409 aa
XP_057781821.1
513 aa
N
1
256
513
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 25-77 aa PF04784 DUF547 310-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781819.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 9 50 3.6e-08 34.4 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057781819.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 283 409 6.3e-35 120.6 Protein of unknown function, DUF547
XP_057781821.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 25 77 1.1e-08 36.0 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057781821.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 310 436 6.9e-35 120.5 Protein of unknown function, DUF547

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925836.1
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAGTGTATATATTAGTATCCACGGTGTCTCTCTCTAAGGCAAGGGTAATTTAAGCTTTGGTTGGATTATCTCTTCATTCGAAATAAGTTTCTCCACTCCACAAAATGGTGCAAAAATGCAATCAAGATCTCCAAATCCCAAACTCTTTGCCTCCAAAAATGTTGGAGCTACTTCATGAGTTAGCAATGGTGGAGAAGGAGATCACTCGACTCGAGAATCAAATCAACGCGATCAAAGC...
XM_057925838.1
ATGCATGAGCTAGCTAGCTTACACACACAATTTTCTAATGTCAAAGTTGAAACATTCTTTAAGGTTTCTCCACTCCACAAAATGGTGCAAAAATGCAATCAAGATCTCCAAATCCCAAACTCTTTGCCTCCAAAAATGTTGGAGCTACTTCATGAGTTAGCAATGGTGGAGAAGGAGATCACTCGACTCGAGAATCAAATCAACGCGATCAAAGCAGAAGCAAAACACGAAGAGCCACGAGCCCACACACAACCAAGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000073
ATGCATGAGCTAGCTAGCTTACACACACAATTTTCTAATGTCAAAGTTGAAACATTCTTTAAGGTTTCTCCACTCCACAAAATGGTGCAAAAATGCAATCAAGATCTCCAAATCCCAAACTCTTTGCCTCCAAAAATGTTGGAGCTACTTCATGAGTTAGCAATGGTGGAGAAGGAGATCACTCGACTCGAGAATCAAATCAACGCGATCAAAGCAGAAGCAAAACACGAAGAGCCACGAGCCCACACACAACCAAGTTT...
LOC131000073
ATGGTGCAAAAATGCAATCAAGATCTCCAAATCCCAAACTCTTTGCCTCCAAAAATGTTGGAGCTACTTCATGAGTTAGCAATGGTGGAGAAGGAGATCACTCGACTCGAGAATCAAATCAACGCGATCAAAGCAGAAGCAAAACACGAAGAGCCACGAGCCCACACACAACCAAGTTTGCAAGAATGGGAGGTTCCAAATCAAAGAGAATCACCATCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAGATCATTGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781819.1
MVQKCNQDLQIPNSLPPKMLELLHELAMVEKEITRLENQINAIKAEAKHEEPRAHTQPSLQEWEVPNQRESPSPPPPPPPPPPDHCNTSKNANEKTKSFEMKALHFITKAIKGDYKLSDFTLNDKAINSKRFKQHQKLRRPSPSRHLEMSTPLHTEEDSIHRWPPNKLSENIMRCLIFIFLRLLRTSRAMELEKPIARSTDFSLSFRAEASSGLVFPRDSRQQDPYGIFDSKESLLRDIGPYKNLVRFTSSSMDLKCIQS...
XP_057781821.1
MHELASLHTQFSNVKVETFFKVSPLHKMVQKCNQDLQIPNSLPPKMLELLHELAMVEKEITRLENQINAIKAEAKHEEPRAHTQPSLQEWEVPNQRESPSPPPPPPPPPPDHCNTSKNANEKTKSFEMKALHFITKAIKGDYKLSDFTLNDKAINSKRFKQHQKLRRPSPSRHLEMSTPLHTEEDSIHRWPPNKLSENIMRCLIFIFLRLLRTSRAMELEKPIARSTDFSLSFRAEASSGLVFPRDSRQQDPYGIFDSKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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