Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000484`

染色体: Chr08 坐标: 3465878-3469443 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000484`
名称	SmilChr08G000484
描述	ruBisCO large subunit-binding protein subunit alpha
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3465878 - 3469443 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000074`
GeneID	`131000074`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000074`
原始查询	`LOC131000074`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ruBisCO large subunit-binding protein subunit alpha
产物	ruBisCO large subunit-binding protein subunit alpha
Arabidopsis	`AT2G28000` (CPN60A) chaperonin-60alpha [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817344] identity=86.5; qcov=0.902; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0277500` (OsCPn60alpha1) - identity=80.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0042026 (protein refolding); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00118 (Cpn60_TCP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057781822.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057781822.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057781822.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781822.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781822.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3466393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:3467139`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:3467140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C19
`Chr8:3467171`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B29
`Chr8:3467171`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B29
`Chr8:3467549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr8:3467603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:3467811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:3468130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr8:3468181`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:3468510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,C11,C69
`Chr8:3468525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781822.1

593 aa

296

593

Cpn60_TCP1

PF00118 Cpn60_TCP1 72-574 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781822.1`	Pfam	`PF00118`	Cpn60_TCP1	Family	72	574	1.6e-73	248.8	TCP-1/cpn60 chaperonin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925839.1
TAATAGAAAGGCCTCAACGTTTCTCGAAATTGAATAGCCAGAATCTTCTGGAACCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTCTCTATACTATAAGCCCTAGCTTGTCTTACCTCACTCCCACCAAACCCCTAACAACAAACTTCATTGCTTCTTCAACTCCGCAATAACCCTTCTTCTACAGAAATGGCGTCGGCTAATGCAATCTCCACCGCCTCCATCCTCCCTTCCTCCTCTAAACAGGACGGGTTGAAGAATAGGAAGGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000074
ATGGCGTCGGCTAATGCAATCTCCACCGCCTCCATCCTCCCTTCCTCCTCTAAACAGGACGGGTTGAAGAATAGGAAGGTGAACCAGCTGTCGCAGCAGGGGCAGAGGATCGGGCAGAAGCAGTCGAAGAATCGGTTTGTGGTGAGGGCTAATGCCAAGGAGATCGCCTTTGATCAGAAATCGCGGTCTGCGATGCAGTCCGGGATCGATAAGCTCGCCAACGCCGTCGGCCTCACTCTTGGTCCCAGGGGAAGGAACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781822.1
MASANAISTASILPSSSKQDGLKNRKVNQLSQQGQRIGQKQSKNRFVVRANAKEIAFDQKSRSAMQSGIDKLANAVGLTLGPRGRNVVLDEFGSPKVVNDGVTIARAIELPDAMENAGAALIREVASKTNDSAGDGTTTASVLAREIIKLGLLSVTSGANAVAVKKGIDKTVQGLVEELEKKARPIKGRDDIKAIASISAGNDETIGTMIADAIDKVGPDGVLSIESSSSFETTVDVEEGMEIDRGYISPQFVTNPEKLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器