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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000485

染色体: Chr08 坐标: 3481582-3486509 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000485
名称SmilChr08G000485
描述P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3481582 - 3486509 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000075
GeneID131000075
locus_tag-
NCBI NameLOC131000075
原始查询LOC131000075

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2-like
产物P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 homolog 2-like
ArabidopsisAT3G45090 (AT3G45090)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823644]
identity=62.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0819400 (LPA1)
-
identity=63.9; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF28345 (LPA1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000075

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057781823.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057781823.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781823.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781823.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3482082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:3483169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:3483200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:3483220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr8:3483222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B69,B83,C31,C59
Chr8:3483269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:3483353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B62,C24
Chr8:3484586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:3484838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:3485232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:3485504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B46,B80,C82
Chr8:3485694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781823.1
712 aa
N
1
356
712
LPA1_N
C
PF28345 LPA1_N 14-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781823.1 Pfam PF28345 LPA1_N Domain 14 172 1.2e-53 181.7 P-loop NTPase domain-containing protein LPA1 N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925840.1
AAGGGCCCGCATTTCCCACAGCGTATCAGATTAGACCTCCAATCTGTCTCTTCTGCGCTACACGCGCCGACTGCAACTCAGCGGCGGGCGACTCTCGTGTCGGCGTCCCAGCCGTGATGCGTGGCAGCTGCTAGCGGTGGAAATGGCTCGATCGCCTCGGGAACGATGCTGCTACTGCTGCTCCGCCTCTTCTTCTGCGTTGATCCTCCGTCTTCACATTTTCATCTCTGATTTTTACTACATCGACTCCTAGAACCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000075
ATGGCGGCGGCGGAGGGAGTTGCGAAGCTTCTGTACATAGTGGTGCTGGAGGATGACGCGGCGCCGGCGGAAGTGGAGAAGAGAGGTCCGCCGTCGTTCCGCTACACGCGTTCGGTTCTGCAAAGTACTCTGCAGCTAATGGGTTGCAAGGCTCGTCATGCCTTTAAGATTAGCCAAAGGGTACTTGAAATACTCAGAAGTGAAAGCTTTGTGGATAAATTGGCTCCCGAATGTATAGAGGTGTCACCACCACGGGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781823.1
MAAAEGVAKLLYIVVLEDDAAPAEVEKRGPPSFRYTRSVLQSTLQLMGCKARHAFKISQRVLEILRSESFVDKLAPECIEVSPPRGVKVHPQGDSECCVHACSDKGDADNITTEEDKSKSDSKPFELYKRRTTMVIRRKVFLDVVCEALTEYKYVGPNQRADLVLACRIRERKESVTVLLCGTSGCGKSTLSALLGSRLGITTVISTDSIRHMMRSFVGEEQNPLLWASTYHAGEYLDPVAVAEAKAKKKAKKTAGISAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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