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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000487

染色体: Chr08 坐标: 3508993-3526670 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000487
名称SmilChr08G000487
描述SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3508993 - 3526670 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000079
GeneID131000079
locus_tag-
NCBI NameLOC131000079
原始查询LOC131000079

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-3-like
产物SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-3-like
ArabidopsisAT2G28060 (AT2G28060)
5'-AMP-activated protein kinase beta-2 subunit protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817350]
identity=59.3; qcov=1; evalue=7.73e-42; confidence=medium
RiceOs09g0364900 (OJ1001_G09.33-1)
-
identity=63.7; qcov=1; evalue=4.02e-45; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF04739 (AMPKBI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000079

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781826.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781826.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781826.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781826.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3526239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B6,C67,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781826.1
113 aa
N
1
56
113
AMPKBI
C
PF04739 AMPKBI 39-109 aa
XP_057781827.1
113 aa
N
1
56
113
AMPKBI
C
PF04739 AMPKBI 39-109 aa
XP_057781828.1
113 aa
N
1
56
113
AMPKBI
C
PF04739 AMPKBI 39-109 aa
XP_057781829.1
113 aa
N
1
56
113
AMPKBI
C
PF04739 AMPKBI 39-109 aa
XP_057781830.1
113 aa
N
1
56
113
AMPKBI
C
PF04739 AMPKBI 39-109 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781826.1 Pfam PF04739 AMPKBI Family 39 109 7.4e-26 90.7 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain
XP_057781827.1 Pfam PF04739 AMPKBI Family 39 109 7.4e-26 90.7 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain
XP_057781828.1 Pfam PF04739 AMPKBI Family 39 109 7.4e-26 90.7 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain
XP_057781829.1 Pfam PF04739 AMPKBI Family 39 109 7.4e-26 90.7 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain
XP_057781830.1 Pfam PF04739 AMPKBI Family 39 109 7.4e-26 90.7 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925845.1
TTTTTTAATTAATTAAATACAGAAAATTAGAAGCAGAAATGGAAAAATTTTCTGATACGCGAAGCCAAATAAATGGGATTTTTTCTCGTAAACGGAGACATTGAGATTTCATACATAATCAGTGCACAAATGATTCTTGAGAATCTATTAGCGGATTCCACTTGAAGTTGATTGTTTGTAGCAGTTGATCGCGAATCGAAGCGGCCGAGCCTAGTTTTCTCAGGCTCTGCGGTTTCTGTTAAGATACAATGAACAATCAA...
XM_057925843.1
TAATTAATTAAATACAGAAAATTAGAAGCAGAAATGGAAAAATTTTCTGATACGCGAAGCCAAATAAATGGGATTTTTTCTCGTAAACGGAGACATTGAGATTTCATACATAATCAGTGCACAAATGATTCTTGAGAATCTATTAGCGGATTCCACTTGGCTCTGCGGTTTCTGTTAAGATACAATGAACAATCAATATGGAGAAGATCAAGATCGAGTGAATGTTGCTGGATTTGATGTCCCTAATTCACCAGAAGCAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131000079
ATGAACAATCAATATGGAGAAGATCAAGATCGAGTGAATGTTGCTGGATTTGATGTCCCTAATTCACCAGAAGCAAGTTACAACAATGTCTACCCTGGAAGAGACGATGACGGGCGAGAACCACCCATGCTACCGCCCCACCTGCAGCACACCTTGTTAAATTATAAAAGGAATAGTGATCCCTGTGCATCATCCCTCCCATCGCCACAGAATGTCACTCTAAATCATCTCTACATTGAGAACAGAGAGCCTCCAAGATC...
LOC131000079
ATGAACAATCAATATGGAGAAGATCAAGATCGAGTGAATGTTGCTGGATTTGATGTCCCTAATTCACCAGAAGCAAGTTACAACAATGTCTACCCTGGAAGAGACGATGACGGGCGAGAACCACCCATGCTACCGCCCCACCTGCAGCACACCTTGTTAAATTATAAAAGGAATAGTGATCCCTGTGCATCATCCCTCCCATCGCCACAGAATGTCACTCTAAATCATCTCTACATTGAGAACAGAGAGCCTCCAAGATC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057781826.1
MNNQYGEDQDRVNVAGFDVPNSPEASYNNVYPGRDDDGREPPMLPPHLQHTLLNYKRNSDPCASSLPSPQNVTLNHLYIENREPPRSVVALGVSHRFRSKFVTVVLYKPVPRR
XP_057781827.1
MNNQYGEDQDRVNVAGFDVPNSPEASYNNVYPGRDDDGREPPMLPPHLQHTLLNYKRNSDPCASSLPSPQNVTLNHLYIENREPPRSVVALGVSHRFRSKFVTVVLYKPVPRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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