当前解析结果
SmilChr08G000494| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000494 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000494 |
| 描述 | dolichol kinase EVAN |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3562831 - 3569656 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000086 |
|---|---|
| GeneID | 131000086 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000086 |
| 原始查询 | LOC131000086 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dolichol kinase EVAN |
| 产物 | dolichol kinase EVAN |
| Arabidopsis | AT3G45040 (AT3G45040)phosphatidate cytidylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823639] identity=60.7; qcov=0.919; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0146500- identity=73.2; qcov=0.268; evalue=3.03e-81; confidence=weak |
| GO | GO:0004168 (dolichol kinase activity); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0043048 (dolichyl monophosphate biosynthetic process) |
| KEGG | smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF28421 (DOLK) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000086 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057781837.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057781837.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781837.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781837.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781837.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3563026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B51,D3 |
Chr8:3563048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C27 |
Chr8:3563053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,D11 |
Chr8:3563094 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B28 |
Chr8:3563157 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr8:3564637 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr8:3564638 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C62 |
Chr8:3564639 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:3564699 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B28 |
Chr8:3564759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C62 |
Chr8:3565266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr8:3565577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781837.1PF28421
DOLK 198-446 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781837.1 |
Pfam | PF28421 |
DOLK | Family | 198 | 446 | 3.1e-14 | 52.7 | Dolichol kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。