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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000502

染色体: Chr08 坐标: 3674531-3676393 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000502
名称SmilChr08G000502
描述probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 32
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向3674531 - 3676393 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000095
GeneID131000095
locus_tag-
NCBI NameLOC131000095
原始查询LOC131000095

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 32
产物probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 32
ArabidopsisAT2G36870 (XTH32)
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818259]
identity=72; qcov=1.02; evalue=4.18e-158; confidence=high
RiceOs07g0480800 (OsXTH21)
-
identity=64; qcov=0.932; evalue=9.15e-131; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005618 (cell wall); GO:0010411 (xyloglucan metabolic process); GO:0016762 (xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity); GO:0042546 (cell wall biogenesis); GO:0048046 (apoplast)
KEGG-
PfamPF00722 (Glyco_hydro_16); PF06955 (XET_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000095

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057781846.1
2 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057781846.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781846.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781846.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781846.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:3674730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:3674758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B40,B82,C1
Chr8:3675231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr8:3675913 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B56,B96,D7
Chr8:3675924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:3675932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C21,C37
Chr8:3675948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr8:3675951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:3675973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr8:3676067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781846.1
292 aa
N
1
146
292
Glyco_hydro_16
XET_C
C
PF00722 Glyco_hydro_16 40-222 aa PF06955 XET_C 257-292 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781846.1 Pfam PF00722 Glyco_hydro_16 Domain 40 222 1.6e-56 191.2 Glycosyl hydrolases family 16
XP_057781846.1 Pfam PF06955 XET_C Family 257 292 2.7e-13 50.2 Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925863.1
CAATTATTTCATTACACACAACACAACTATACAATTAAAATTTTTAGTTCATTAATTCTTTTTTCCCAATGGCTCCTCTCCTAATCTCTCTCCTCTTCCTTTTCATGTTCCCTTTGGGGAATAATGGTCAGGGTCCGCCCTCACCAGGCTACTACCCTAGCTCGAGAATCGGCTCGGTAGGGTTCAACCAAGGGTTCAGGAATCTTTGGGGCCCACAGCACCAGAGGCTCGACCAAGGCGCCCTCACCATTTGGCTCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000095
ATGGCTCCTCTCCTAATCTCTCTCCTCTTCCTTTTCATGTTCCCTTTGGGGAATAATGGTCAGGGTCCGCCCTCACCAGGCTACTACCCTAGCTCGAGAATCGGCTCGGTAGGGTTCAACCAAGGGTTCAGGAATCTTTGGGGCCCACAGCACCAGAGGCTCGACCAAGGCGCCCTCACCATTTGGCTCGATCGAACCTCAGGGAGCGGATTCAAGTCATTAAATCCTTATTCATCTGGCTATTTTGGGGCTGCTATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781846.1
MAPLLISLLFLFMFPLGNNGQGPPSPGYYPSSRIGSVGFNQGFRNLWGPQHQRLDQGALTIWLDRTSGSGFKSLNPYSSGYFGAAIKLQPGYTAGVITSLYLSNNEDHPGNHDEIDIEFLGTTEGKPYVLQTNVYIRGSGDGNIIGREMKFNLWFDPTKDFHNYAILWNPTEIIYFVDDVPIRRYTRKSDATFPLRPMYVYGSIWDASSWATENGKYKADYNHQPFVGKYNNFKIGGCRAGTASCSPASASPSGGPGLSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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