当前解析结果
SmilChr08G000503| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000503 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000503 |
| 描述 | probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase IRX7 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3678880 - 3681184 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000096 |
|---|---|
| GeneID | 131000096 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000096 |
| 原始查询 | LOC131000096 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase IRX7 |
| 产物 | probable glucuronoxylan glucuronosyltransferase IRX7 |
| Arabidopsis | AT2G28110 (FRA8)Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817357] identity=66.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0107900- identity=63.7; qcov=0.797; evalue=2.36e-167; confidence=high |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03016 (Exostosin_GT47) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000096 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057781848.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057781848.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781848.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781848.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781848.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3679525 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr8:3679707 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B47 |
Chr8:3679786 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B56,B96,D7 |
Chr8:3679925 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:3679935 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B3,B35,D9 |
Chr8:3680059 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C5 |
Chr8:3680059 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr8:3680133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:3680195 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
Chr8:3680237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B56,B96,D7 |
Chr8:3680387 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B122,B58,B64,C76 |
Chr8:3680436 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,A24,B80,C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781848.1PF03016
Exostosin_GT47 84-382 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781848.1 |
Pfam | PF03016 |
Exostosin_GT47 | Domain | 84 | 382 | 6.6e-70 | 236.5 | Exostosin GT47 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。