Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000522`

染色体: Chr08 坐标: 3798702-3808150 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000522`
名称	SmilChr08G000522
描述	DNA ligase 1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3798702 - 3808150 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000110`
GeneID	`131000110`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000110`
原始查询	`LOC131000110`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA ligase 1
产物	DNA ligase 1
Arabidopsis	`AT1G08130` (LIG1) DNA ligase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837333] identity=64.7; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0489200` - identity=72; qcov=0.683; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003910 (DNA ligase (ATP) activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006273 (lagging strand elongation); GO:0006281 (DNA repair); GO:0006310 (DNA recombination); GO:0071897 (DNA biosynthetic process)
KEGG	smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03430 (Mismatch repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01068 (DNA_ligase_A_M); PF04675 (DNA_ligase_A_N); PF04679 (DNA_ligase_A_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057781860.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057781860.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057781860.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057781860.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781860.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3799744`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C16,C40
`Chr8:3799744`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C16,C40
`Chr8:3800331`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B115,C73
`Chr8:3800331`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B115,C73
`Chr8:3800845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr8:3801086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr8:3801186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B120,B8,C53,C72
`Chr8:3804475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B37,B38
`Chr8:3804484`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B81
`Chr8:3804484`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B81
`Chr8:3805801`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr8:3805801`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781860.1

810 aa

405

810

DNA_ligase_A_N

DNA_ligase_A_M

DNA_ligase_A_C

PF04675 DNA_ligase_A_N 197-372 aa PF01068 DNA_ligase_A_M 438-642 aa PF04679 DNA_ligase_A_C 667-778 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781860.1`	Pfam	`PF04675`	DNA_ligase_A_N	Family	197	372	1.1e-49	169.6	DNA ligase N terminus
`XP_057781860.1`	Pfam	`PF01068`	DNA_ligase_A_M	Domain	438	642	4.9e-67	226.3	ATP dependent DNA ligase domain
`XP_057781860.1`	Pfam	`PF04679`	DNA_ligase_A_C	Domain	667	778	7e-23	81.6	ATP dependent DNA ligase C terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093660.1
GACGATGTCGTTTTGAGTAATACACTCTGCTGCCTGGGCCACCTCCCTAGTCTCAACACAACACTGTCACTACACAATCCACCCTCTCTCTCAGACGACTTCACGGACAATTTTCCCGCCAATTCTCCGCGGTTGATGTTCTCGCTTTGGTCATGCCGCCACACCTCAATCCTCGTCTCTCTCTCTGTTAACGTCGCCGGGAAACTCCACCTCCGCTCCTCTCTCTCCATCTCCTCTAAGCATTTCTTGAATTTCACCAA...

XM_057925877.1
GACGATGTCGTTTTGAGTAATACACTCTGCTGCCTGGGCCACCTCCCTAGTCTCAACACAACACTGTCACTACACAATCCACCCTCTCTCTCAGACGACTTCACGGACAATTTTCCCGCCAATTCTCCGCGGTTGATGTTCTCGCTTTGGTCATGCCGCCACACCTCAATCCTCGTCTCTCTCTCTGTTAACGTCGCCGGGAAACTCCACCTCCGCTCCTCTCTCTCCATCTCCTCTAAGCATTTCTTGAATTTCACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000110
ATGTTCTCGCTTTGGTCATGCCGCCACACCTCAATCCTCGTCTCTCTCTCTGTTAACGTCGCCGGGAAACTCCACCTCCGCTCCTCTCTCTCCATCTCCTCTAAGCATTTCTTGAATTTCACCAAGCTGAACCCTAGTGTACGAACAATGTCCGGCTCTTCGCGTTCAGCCTTTGACGTTCTCATGGCCAATGCTTCCAAGAAAAAGGAACCGTCTCAGTCGCAATCGGCGAAGCCAAAAGGATCATCACCCCGAAAACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781860.1
MFSLWSCRHTSILVSLSVNVAGKLHLRSSLSISSKHFLNFTKLNPSVRTMSGSSRSAFDVLMANASKKKEPSQSQSAKPKGSSPRKRKSPSKSQTANLLPQNGDTPAPSSEHPEIVQNSSSCGIGDAQVENPVNTGLKDSGLKQSKTGNADADKGLVAAKKPKVSISPDESVLELKKKAAEFKVKRAAYWGEGKRVPFMFVAKALDAVSKESGRIVITGIVCNMLRTVMETAPDDLLAVMYLLVNRIAPAHEGLELGIGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器