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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000535`

染色体: Chr08 坐标: 3896135-3896806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000535`
名称	SmilChr08G000535
描述	RING-H2 finger protein ATL57-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3896135 - 3896806 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000124`
GeneID	`131000124`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000124`
原始查询	`LOC131000124`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL57-like
产物	RING-H2 finger protein ATL57-like
Arabidopsis	`AT2G27940` (AT2G27940) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817338] identity=45.2; qcov=0.942; evalue=7.01e-36; confidence=medium
Rice	`Os09g0468300` - identity=36.4; qcov=0.903; evalue=2.78e-27; confidence=medium
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000124

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057781880.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057781880.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057781880.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781880.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781880.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3896539`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D1
`Chr8:3896539`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D1
`Chr8:3896543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:3896553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,C16,C28,C84
`Chr8:3896674`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A2,B14,B41,B77,B97,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781880.1

155 aa

155

zf-rbx1

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF12678 zf-rbx1 97-146 aa PF17123 zf-RING_11 103-132 aa PF13923 zf-C3HC4_2 103-145 aa PF13639 zf-RING_2 103-146 aa PF13445 zf-RING_UBOX 104-143 aa PF00097 zf-C3HC4 104-145 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781880.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	97	146	5.3e-10	40.1	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057781880.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	103	132	2.6e-11	43.7	RING-like zinc finger
`XP_057781880.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	103	145	1e-10	41.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057781880.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	103	146	5.2e-16	59.3	Ring finger domain
`XP_057781880.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	104	143	1.5e-07	32.0	RING-type zinc-finger
`XP_057781880.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	104	145	9.4e-08	32.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925897.1
CCCCTCTTCACGTTCATGAACCCCCTCACGTGCAGAAAACTCCTCCAACCAAACAATGCTTCCCAAGTCGCCGCCCCTCTCTCCCCCACCCCCGCCGCAACGAACAACTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCATACAGAAGACAGCTGGACTCCTCCATTGCCCTAACGATTATTGTCCTTCTCACCGCCTTCTTCTTCATAGGGCTACTGTCCTTCTTCATCCGCCGCTCCTCCTCCGCCGCCGCGCCACGTGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000124
ATGAACCCCCTCACGTGCAGAAAACTCCTCCAACCAAACAATGCTTCCCAAGTCGCCGCCCCTCTCTCCCCCACCCCCGCCGCAACGAACAACTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCATACAGAAGACAGCTGGACTCCTCCATTGCCCTAACGATTATTGTCCTTCTCACCGCCTTCTTCTTCATAGGGCTACTGTCCTTCTTCATCCGCCGCTCCTCCTCCGCCGCCGCGCCACGTGAAGGCGGCGCGGAGGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781880.1
MNPLTCRKLLQPNNASQVAAPLSPTPAATNNSSSSAAAAAYRRQLDSSIALTIIVLLTAFFFIGLLSFFIRRSSSAAAPREGGAEAAASLPVVAYRKQQMTEECAICLSEFEEGETIKLIPYCGHVFHAECLDTWLQLHVTCPLCRSHQLFNKDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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