Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000539`

染色体: Chr08 坐标: 3933682-3937074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G000539`
名称	SmilChr08G000539
描述	uncharacterized SmilChr08G000539
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	3933682 - 3937074 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000129`
GeneID	`131000129`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC131000129`
原始查询	`LOC131000129`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Serine carboxypeptidase S28 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832349]; symbol=AT5G22860; hit=AT5G22860; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Serine carboxypeptidase S28 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832349]; symbol=AT5G22860; hit=AT5G22860; species=arabidopsis; confidence=high
拟南芥	`AT5G22860` (AT5G22860) Serine carboxypeptidase S28 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832349] identity=52.1; qcov=0.982; evalue=0.0; confidence=high
水稻	`Os06g0647400` (OsProCP2) - identity=43.01; qcov=0.882; evalue=7.7e-136; confidence=medium
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008239 (dipeptidyl-peptidase activity); GO:0070008 (serine-type exopeptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF05577 (Peptidase_S28)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000129

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	液泡	1.00000	`XP_057781884.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:3933953`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	24	A8,B106,B128,B134,B17,B19,B22,B49,B55,B79,B82,B91,B93,C16,C27,C31,C40,C50,C65,C76,C77,C79,C8,D10
`Chr8:3934244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B47,C20,C35,C55
`Chr8:3934829`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B103,C3,C49
`Chr8:3934829`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B103,C3,C49
`Chr8:3935510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:3935603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B32,C72
`Chr8:3936090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B67,C23,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781884.1

499 aa

250

499

Peptidase_S28

PF05577 Peptidase_S28 64-477 aa

XP_057781885.1

499 aa

250

499

Peptidase_S28

PF05577 Peptidase_S28 64-477 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`XP_057781884.1`	Pfam	`PF05577`	Peptidase_S28	Domain	64	477	2.2e-72	245.0	Serine carboxypeptidase S28
`XP_057781885.1`	Pfam	`PF05577`	Peptidase_S28	Domain	64	477	2.2e-72	245.0	Serine carboxypeptidase S28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925902.1
ATTAATAATAATTGATAGGTTAATTCGATTGATCTTGTTCATGTTAGCCAAATCGTGGCCTCGTGGGCTGAATCTCAACATATACAGTCTTCAAACAAAATCTAGGTTTCGTCTATAAATACCATGATATACTAAAATTGATCAAAGAATCAAAGAAGAAAGCTTATGAGCATGAAATCCCAATTCCACCCTTGTCTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTGCGCAGACTGTTTCAACATCTCCACCCAAAATCCCAAGACTCTC...

XM_057925901.1
CCAGTTTAAAATCAAGGGTTTCGTCTATAAATACCATGATATACTAAAATTGATCAAAGAATCAAAGAAGAAAGCTTATGAGCATGAAATCCCAATTCCACCCTTGTCTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTGCGCAGACTGTTTCAACATCTCCACCCAAAATCCCAAGACTCTCTACATTCAACAGAGACGCATTGTTGAGTGATGCGACATCAGCAGCAACTTCTTCTTCTTCAAAGCTGGATTTGATGAAGACATATTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057781884.1_40874
ATGAGCATGAAATCCCAATTCCACCCTTGTCTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTGCGCAGACTGTTTCAACATCTCCACCCAAAATCCCAAGACTCTCTACATTCAACAGAGACGCATTGTTGAGTGATGCGACATCAGCAGCAACTTCTTCTTCTTCAAAGCTGGATTTGATGAAGACATATTATTACCGACAAACAATCGATCACTTCAACTACGCACCTCAGAGCTATGCAACCTTCAGACAAAGATACGTCGTAAGCTC...

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057781885.1_40875
ATGAGCATGAAATCCCAATTCCACCCTTGTCTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTGCGCAGACTGTTTCAACATCTCCACCCAAAATCCCAAGACTCTCTACATTCAACAGAGACGCATTGTTGAGTGATGCGACATCAGCAGCAACTTCTTCTTCTTCAAAGCTGGATTTGATGAAGACATATTATTACCGACAAACAATCGATCACTTCAACTACGCACCTCAGAGCTATGCAACCTTCAGACAAAGATACGTCGTAAGCTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057781884.1
MSMKSQFHPCLLLLLLLAQTVSTSPPKIPRLSTFNRDALLSDATSAATSSSSKLDLMKTYYYRQTIDHFNYAPQSYATFRQRYVVSSKYWGGPHSDAPIFAYLGPEAPLDQDLLSITFLSHNAPRFKSLSLYIEHRYYGKSVPFGTMEEAMKNETTRGYFNSAQAIADYAEILLHVKKKFSAHNSPIIVVGGSYGGKLASWFRLKYPHIAVGALASSAPILYFDNITPQNGYYSIVTKDFKEVSLKCYEIIKKSWAEIDR...

XP_057781885.1
MSMKSQFHPCLLLLLLLAQTVSTSPPKIPRLSTFNRDALLSDATSAATSSSSKLDLMKTYYYRQTIDHFNYAPQSYATFRQRYVVSSKYWGGPHSDAPIFAYLGPEAPLDQDLLSITFLSHNAPRFKSLSLYIEHRYYGKSVPFGTMEEAMKNETTRGYFNSAQAIADYAEILLHVKKKFSAHNSPIIVVGGSYGGKLASWFRLKYPHIAVGALASSAPILYFDNITPQNGYYSIVTKDFKEVSLKCYEIIKKSWAEIDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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