Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000564

染色体: Chr08 坐标: 4088542-4089909 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000564
名称SmilChr08G000564
描述uncharacterized SmilChr08G000564
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4088542 - 4089909 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000153
GeneID131000153
locus_tag-
NCBI NameLOC131000153
原始查询LOC131000153

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G27830 (AT2G27830)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]
identity=53.9; qcov=0.953; evalue=4.8e-56; confidence=high
RiceOs02g0527200
-
identity=41.2; qcov=0.953; evalue=1.47e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF23156 (DUF7054)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000153

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057781916.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781916.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781916.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781916.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781916.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4088853 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 65 A11,A16,A2,A24,A3,A4,A7,A8,A9,B101,B107,B110,B119,B120,B125,B127,B128,B134,B135,B136,B138,B14,B18,B19,B3,B33,B34,B41,B47,B60,B77,B81,B86,B9,B91,B95,B97,B98,C20,C25,C27,C3,C35,C37,C42,C43,C49,C55,C57,C58,C6,C60,C63,C65,C67,C7,C73,C74,C76,C79,C82,D11,D6,D8,D9
Chr8:4089173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:4089202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:4089229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:4089321 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr8:4089321 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B7
Chr8:4089323 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr8:4089323 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781916.1
191 aa
N
1
96
191
DUF7054
C
PF23156 DUF7054 67-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781916.1 Pfam PF23156 DUF7054 Domain 67 151 1.6e-37 128.1 Domain of unknown function (DUF7054)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925933.1
TATAATGAAAATATTGATGACATAATCGTATACAAATATTCAACAAGAATACGACGTAACTTGGAACGGTCTTCCCATCCCAATAATGTAACCAAATATCCAAAGAGTTTCTGCTTTATTTTCTAAATTAAATAAATTTCCTAATTTCCCCCTATTTAAAATCCCTCTTCATCTCCACCACTTCTTCAAACATTACCCTTCACTCTTACTCTCTTCCACCGTAGCATTAATTCTGGTTATGTTCGCCGACGACCGCCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000153
ATGCCGTCGCCGAAGAGTCACCGGAAAGGAAGCCATGAGAAGAACAAGAAGGGGCGGTTGTCGGAGAAGGCGTCGTCGTTTCACGGGAGAGACGCCGGAGCTGTGGCCGACATGCTTCCGCGGCCGAGGACAGTGCCGGACTTGCTGGCCGGCAGAAGAGCCGGCGCGAGTTCATCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGAAGCTGACGAAGTTGCTCGTGAACGTGACGATACAGAGGAGCCCTGGCCCCGTGCACGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781916.1
MPSPKSHRKGSHEKNKKGRLSEKASSFHGRDAGAVADMLPRPRTVPDLLAGRRAGASSSPPPPPLPKLTKLLVNVTIQRSPGPVHVLMPPEATVQDLITAALRQYLKEARRPVLPATAASAFDLHYSQFSLESLDREVKIVELGSRNFFLCPRKTAAESGGAAVSSSCSKEAEEGTNKKGLPWLKFMDFLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器