Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000571

染色体: Chr08 坐标: 4135261-4136461 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000571
名称SmilChr08G000571
描述uncharacterized SmilChr08G000571
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4135261 - 4136461 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000158
GeneID131000158
locus_tag-
NCBI NameLOC131000158
原始查询LOC131000158

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]; symbol=AT2G27770; hit=AT2G27770; species=arabidopsis; confidence=high
产物DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]; symbol=AT2G27770; hit=AT2G27770; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G27770 (AT2G27770)
DUF868 family protein (DUF868) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817323]
identity=48.8; qcov=1.09; evalue=2.04e-96; confidence=high
RiceOs03g0806700
-
identity=40.1; qcov=1.02; evalue=7.71e-59; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF05910 (DUF868)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781920.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057781920.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781920.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781920.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057781920.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4135590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:4135897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B95,C48,C61
Chr8:4135900 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 A7,B95,C48,C61
Chr8:4135900 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 A7,B95,C48,C61
Chr8:4135908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B95,C48
Chr8:4135921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr8:4135928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr8:4135932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781920.1
296 aa
N
1
148
296
DUF868
C
PF05910 DUF868 38-294 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781920.1 Pfam PF05910 DUF868 Family 38 294 5.2e-80 269.7 Plant protein of unknown function (DUF868)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925937.1
TATATTTATACGAACGACAGTTTGTCAAGAAATAAAAAAATCAAAGGTCGATGGTTGCCGTCTCAAATTTTTTCCATTCTCTCCAACATCACTAGATGCATAATTTAATTCAGAAAGAGAATCATATTTAAACAACGTAACACCAAGTTCATCTCTGGTTTCAATTCAACAGAAGTTCATCTTCTCTCTCTCTCTAAACAACGTGACATGAGAGACTTAGCATCTTGCCTGAGCGAGCACGCGGTGCAGGTCTCGGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000158
ATGAGAGACTTAGCATCTTGCCTGAGCGAGCACGCGGTGCAGGTCTCGGACACGTCGTGCTCAAGCTACACAAACATCGCTCCCTGCATTGCTTCAGCCTCGACCCCTTCGATCCAAATCAGCGTCAAGTGTTTATACAGAAGCATTCTCTCCAACGAGAAGCAGATGATGACGACGGTGACGTGGAGCCGGAGCGCCTCCGCCCACGGCCTCACCCTCAGCTTCCACGACGATCCCTCCGCCGCCTTCAAAATCTCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781920.1
MRDLASCLSEHAVQVSDTSCSSYTNIAPCIASASTPSIQISVKCLYRSILSNEKQMMTTVTWSRSASAHGLTLSFHDDPSAAFKISTSSRLFRKSKGRKSLQLRSSSSKIDLFWDLSTARYEPGPEPVDGFYVAVVVDSELGLVLGDKDHELAGKKAGKFALVSRQEHFSGSTVCATKARFCDGGGAHDISIRCGGESQARHPILSVCIDKKPVIRVKKLQWNFRGNQTIFLDGLLVDLLWDVHDWFHNPDAGYAVFMFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器