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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000573

染色体: Chr08 坐标: 4168312-4169932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000573
名称SmilChr08G000573
描述uncharacterized SmilChr08G000573
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4168312 - 4169932 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000160
GeneID131000160
locus_tag-
NCBI NameLOC131000160
原始查询LOC131000160

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RAB6-interacting golgin (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817320]; symbol=AT2G27740; hit=AT2G27740; species=arabidopsis; confidence=high
产物RAB6-interacting golgin (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817320]; symbol=AT2G27740; hit=AT2G27740; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G27740 (AT2G27740)
RAB6-interacting golgin (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817320]
identity=60.5; qcov=0.96; evalue=3.52e-65; confidence=high
RiceOs04g0408600
-
identity=65.4; qcov=0.764; evalue=1.79e-59; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04949 (Transcrip_act)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000160

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781922.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057781923.1
3 Cell projection 细胞突起 0.60000 XP_057781923.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781922.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4168461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4168591 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 64 A10,A13,A20,A22,A24,A5,A8,B10,B102,B104,B105,B11,B112,B114,B124,B129,B136,B17,B25,B3,B30,B35,B51,B52,B55,B61,B70,B71,B73,B74,B79,B80,B81,B82,B90,B91,B92,B94,B96,B97,B99,C12,C16,C21,C22,C27,C3,C37,C47,C48,C5,C52,C56,C60,C61,C64,C66,C72,C74,C77,C79,C86,D1,D7
Chr8:4168596 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B10,C80
Chr8:4168596 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4168662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4168698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:4169381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4169407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4169575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4169578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr8:4169584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:4169606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781922.1
182 aa
N
1
91
182
Transcrip_act
C
PF04949 Transcrip_act 19-151 aa
XP_057781923.1
174 aa
N
1
87
174
Transcrip_act
C
PF04949 Transcrip_act 19-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781922.1 Pfam PF04949 Transcrip_act Family 19 151 4.1e-61 206.1 Transcriptional activator
XP_057781923.1 Pfam PF04949 Transcrip_act Family 19 172 5.8e-73 244.6 Transcriptional activator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925939.1
AAAGAGAGAATATATCAATATCATTTGAAAGCATAAAAGCAAAAGACAGCATATATATATACATATATATAACAAGCAATTAAAACTGGTATTATTAGCTAGATTGCAGTTTGAGCAAATGACAACACAGCAACAGCAGGCATTGGAGCTACAGCAATCACAGATGGTGAAGGTGAAGAACTCCGGCATGATCAGCCACGTAGGCAGCCCTACCGCGAACGAAGACAGAGACGAGGAGATGACGCGCTCTGCCTTGGCCG...
XM_057925940.1
GAGAATATATCAATATCATTTGAAAGCATAAAAGCAAAAGACAGCATATATATATACATATATATAACAAGCAATTAAAACTGGTATTATTAGCTAGATTGCAGTTTGAGCAAATGACAACACAGCAACAGCAGGCATTGGAGCTACAGCAATCACAGATGGTGAAGGTGAAGAACTCCGGCATGATCAGCCACGTAGGCAGCCCTACCGCGAACGAAGACAGAGACGAGGAGATGACGCGCTCTGCCTTGGCCGCGTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000160
ATGACAACACAGCAACAGCAGGCATTGGAGCTACAGCAATCACAGATGGTGAAGGTGAAGAACTCCGGCATGATCAGCCACGTAGGCAGCCCTACCGCGAACGAAGACAGAGACGAGGAGATGACGCGCTCTGCCTTGGCCGCGTTCCATGCCAGGGAAGAAGAGATCGAGAGGAGGAAGATTGAGGTCAGGGACAAAGTTCAGGCGCGGTTAGGCCGCGTCGAGGAAGAGACCAAGCGCCTAGCTCTAATCCACCAAGA...
LOC131000160
ATGACAACACAGCAACAGCAGGCATTGGAGCTACAGCAATCACAGATGGTGAAGGTGAAGAACTCCGGCATGATCAGCCACGTAGGCAGCCCTACCGCGAACGAAGACAGAGACGAGGAGATGACGCGCTCTGCCTTGGCCGCGTTCCATGCCAGGGAAGAAGAGATCGAGAGGAGGAAGATTGAGGTCAGGGACAAAGTTCAGGCGCGGTTAGGCCGCGTCGAGGAAGAGACCAAGCGCCTAGCTCTAATCCACCAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057781922.1
MTTQQQQALELQQSQMVKVKNSGMISHVGSPTANEDRDEEMTRSALAAFHAREEEIERRKIEVRDKVQARLGRVEEETKRLALIHQELESLHDPMRKEVAIVRKRIDLINRDLKPLGLSCQKKEKEYKEALEAFTDKNREKGQLITKLVEVNSTLFFFFSFLNCGYIFVVIFLMINYWTVGN
XP_057781923.1
MTTQQQQALELQQSQMVKVKNSGMISHVGSPTANEDRDEEMTRSALAAFHAREEEIERRKIEVRDKVQARLGRVEEETKRLALIHQELESLHDPMRKEVAIVRKRIDLINRDLKPLGLSCQKKEKEYKEALEAFTDKNREKGQLITKLVELVTESEKLRLKKLEELSKNIDSLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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