当前解析结果
SmilChr08G000600| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000600 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000600 |
| 描述 | 2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4454459 - 4456681 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000177 |
|---|---|
| GeneID | 131000177 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000177 |
| 原始查询 | LOC131000177 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like |
| 产物 | 2-alkenal reductase (NADP(+)-dependent)-like |
| Arabidopsis | AT5G17000 (AT5G17000)Zinc-binding dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831563] identity=70.7; qcov=1; evalue=1.43e-106; confidence=high |
| Rice | Os04g0497000 (OsNADPH1)- identity=69.2; qcov=1; evalue=3.61e-103; confidence=high |
| GO | GO:0032440 (2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00107 (ADH_zinc_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000177 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057781935.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057781935.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781935.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781935.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781935.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4454633 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | B111,B134,B65,B67,B83,C49,C56,C71,C79,C83,C84,D10 |
Chr8:4454637 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B111,B134,B65,B67,B83,C49,C56,C71,C79,C83,C84,D10 |
Chr8:4454644 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B67,C71,C84 |
Chr8:4454647 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,C85,D6 |
Chr8:4454659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,C71 |
Chr8:4454758 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781935.1PF00107
ADH_zinc_N 30-163 aa
PF13602
ADH_zinc_N_2 64-203 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781935.1 |
Pfam | PF00107 |
ADH_zinc_N | Domain | 30 | 163 | 2.5e-22 | 79.9 | Zinc-binding dehydrogenase |
XP_057781935.1 |
Pfam | PF13602 |
ADH_zinc_N_2 | Domain | 64 | 203 | 3.7e-08 | 35.1 | Zinc-binding dehydrogenase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。