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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004187

染色体: Chr01 坐标: 60296883-60301401 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004187
名称SmilChr01G004187
描述uncharacterized SmilChr01G004187
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60296883 - 60301401 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000179
GeneID131000179
locus_tag-
NCBI NameLOC131000179
原始查询LOC131000179

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828990]; symbol=AT4G28706; hit=AT4G28706; species=arabidopsis; confidence=high
产物pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828990]; symbol=AT4G28706; hit=AT4G28706; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G28706 (AT4G28706)
pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828990]
identity=64.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0566400
-
identity=65.7; qcov=0.882; evalue=6.09e-176; confidence=high
GOGO:0016301 (kinase activity)
KEGG-
PfamPF00294 (PfkB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781941.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057781941.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781941.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781941.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781941.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60297034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:60297156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr1:60297158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:60297162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr1:60297383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:60297397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:60298053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:60299763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:60299980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C21
Chr1:60300063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B12,B49,B51,C44
Chr1:60300703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:60300937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781941.1
400 aa
N
1
200
400
PfkB
PfkB
C
PF00294 PfkB 53-278 aa PF00294 PfkB 332-389 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781941.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 53 278 3.8e-39 135.5 pfkB family carbohydrate kinase
XP_057781941.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 332 389 3.8e-39 135.5 pfkB family carbohydrate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925958.1
AATAATAATAATAATTGTGTTTCCAATATCCAGCTTACCCGTGGCTCGCACTGAGCTTATGCTGTTGTCTACGCCCACCCAACAATGTTGCTCACCTCAACTCCACCTGCTCTACTCAGACCCCCATTTTCCTCTCAATTCCCTTCTCTCTCTTCATTTTCTCTCAGGTGCAGGTTTAGAATGTCGTCCGCCGCGCCTTCGCTGCCTCCTCTCCCCGATAATCGCATTGTTGTAGGTTGTGGAGCGGTTACGCTTGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000179
ATGTTGCTCACCTCAACTCCACCTGCTCTACTCAGACCCCCATTTTCCTCTCAATTCCCTTCTCTCTCTTCATTTTCTCTCAGGTGCAGGTTTAGAATGTCGTCCGCCGCGCCTTCGCTGCCTCCTCTCCCCGATAATCGCATTGTTGTAGGTTGTGGAGCGGTTACGCTTGATTTTCTGGCCGCGGTGGCTACTTATCCGAAGCCTGATGATAAGACTAGAAGCACCAGCGCCAAGGTCCAAGGAGGTGGAAATGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781941.1
MLLTSTPPALLRPPFSSQFPSLSSFSLRCRFRMSSAAPSLPPLPDNRIVVGCGAVTLDFLAAVATYPKPDDKTRSTSAKVQGGGNAGNALTCAARLGLQPRLISKVADDSQGKGILEELEADGVDSSFIVVAEGGNSPFTYIIVDDETKTRTCIHTPGYPPMIPDELTESKLLTAVDGARLVYFDGRLHDTALVVAQEATRRGIPILIDAERKREGLDDLLSLSSYAICSAKFPQSWTGAPSVTSALVSMLIKLPNLKFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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