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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000606

染色体: Chr08 坐标: 4488312-4496516 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000606
名称SmilChr08G000606
描述neutral/alkaline invertase 3, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4488312 - 4496516 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000182
GeneID131000182
locus_tag-
NCBI NameLOC131000182
原始查询LOC131000182

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述neutral/alkaline invertase 3, chloroplastic-like
产物neutral/alkaline invertase 3%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G22510 (INV-E)
alkaline/neutral invertase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832312]
identity=68.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0529400 (OsNIN3)
-
identity=82.1; qcov=0.782; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004575 (sucrose alpha-glucosidase activity); GO:0005987 (sucrose catabolic process); GO:0009507 (chloroplast); GO:0033926 (endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF12899 (Glyco_hydro_100)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000182

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781940.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057781940.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057781942.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781940.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4488838 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr8:4488838 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr8:4489449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4489486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4489688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B136,C26,C83
Chr8:4490763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr8:4495342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B50,D11
Chr8:4495358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B48,C80
Chr8:4495444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:4495556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:4495558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:4495982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B25,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781940.1
648 aa
N
1
324
648
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 167-608 aa
XP_057781942.1
629 aa
N
1
314
629
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 148-589 aa
XP_057781943.1
629 aa
N
1
314
629
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 148-589 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781940.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 167 608 3.8e-222 738.4 Alkaline and neutral invertase
XP_057781942.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 148 589 3.5e-222 738.5 Alkaline and neutral invertase
XP_057781943.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 148 589 3.5e-222 738.5 Alkaline and neutral invertase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925957.1
TCAAGTGCTGACGTTACATGTTTTTCCATTTTATTGCATACAATTTAGGAAATGCCCCAATTGGGCAAAAACTAAAAATAGATAGCGCACGTGTCACCATACCTTCCCCCTTCCCCCGCCGTGTCGCTGCATAAATCTCGCCGGCACTCCCCTCTCCATAAAAAAGGCCCTTCACACCTCCATAAATCAAGTGAGCAAGTAGATCAACTGTTTTTCTGTTACTATTCATTTACTGTGAACTAAAGATTTGTACTTTTTCT...
XM_057925959.1
AAGTGCTGACGTTACATGTTTTTCCATTTTATTGCATACAATTTAGGAAATGCCCCAATTGGGCAAAAACTAAAAATAGATAGCGCACGTGTCACCATACCTTCCCCCTTCCCCCGCCGTGTCGCTGCATAAATCTCGCCGGCACTCCCCTCTCCATAAAAAAGGCCCTTCACACCTCCATAAATCAAGATTATTGAAGTTGAGACGATTGCCAAACTACTATATTTTCACAGGTTCAATGGCTGCTTTAGAAGCAGTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000182
ATGATAGGATTATTGAAGTTGAGACGATTGCCAAACTACTATATTTTCACAGGTTCAATGGCTGCTTTAGAAGCAGTCCCTCGAGCTCTGTCTGGGGCGGTGCCGTTCCAGGTTTATAGAAATTTGAGATCAGCTTCACTGTTTTCCTGTAAGTATGGTAGATCTTATGGATCCATATCACAAACGGACCAAGGCTCATCGAAAAAATATGTGGGAAGCCATACAGTTCGAAGTAGTGGCTGTATTTTGGGAGAAGGACA...
LOC131000182
ATGGCTGCTTTAGAAGCAGTCCCTCGAGCTCTGTCTGGGGCGGTGCCGTTCCAGGTTTATAGAAATTTGAGATCAGCTTCACTGTTTTCCTGTAAGTATGGTAGATCTTATGGATCCATATCACAAACGGACCAAGGCTCATCGAAAAAATATGTGGGAAGCCATACAGTTCGAAGTAGTGGCTGTATTTTGGGAGAAGGACAGAGCAATCGGTTAAATTCTTTGCGTTGCAATTGCATTGAAAGAGAAAGTGCTCGAGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057781940.1
MIGLLKLRRLPNYYIFTGSMAALEAVPRALSGAVPFQVYRNLRSASLFSCKYGRSYGSISQTDQGSSKKYVGSHTVRSSGCILGEGQSNRLNSLRCNCIERESARETSREDASKRLVSDNLDDQRLEAAQLLKHEKEAPWYNNELASDKAIGQNFGRMDANSLEDEAWNLLRASMVYYCGNPVGTIAANDPSDSNMLNYDQVFIRDFVPSGIAFLLKGEYEIVRNFILHTLQLQSWEKTIDCHSPGQGLMPASFKVRVVP...
XP_057781942.1
MAALEAVPRALSGAVPFQVYRNLRSASLFSCKYGRSYGSISQTDQGSSKKYVGSHTVRSSGCILGEGQSNRLNSLRCNCIERESARETSREDASKRLVSDNLDDQRLEAAQLLKHEKEAPWYNNELASDKAIGQNFGRMDANSLEDEAWNLLRASMVYYCGNPVGTIAANDPSDSNMLNYDQVFIRDFVPSGIAFLLKGEYEIVRNFILHTLQLQSWEKTIDCHSPGQGLMPASFKVRVVPLDGDDSATEEVLDPDFGEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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