当前解析结果
SmilChr08G000626| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000626 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000626 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000626 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4668647 - 4670761 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000201 |
|---|---|
| GeneID | 131000201 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000201 |
| 原始查询 | LOC131000201 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ribosomal protein L30 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835607]; symbol=AT5G55140; hit=AT5G55140; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | ribosomal protein L30 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835607]; symbol=AT5G55140; hit=AT5G55140; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G55140 (AT5G55140)ribosomal protein L30 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835607] identity=67.9; qcov=0.981; evalue=1.7e-52; confidence=high |
| Rice | Os08g0110100- identity=67.3; qcov=0.907; evalue=4.77e-44; confidence=medium |
| GO | GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006412 (translation); GO:0015934 (large ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00327 (Ribosomal_L30) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000201 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057781969.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781969.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781969.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781969.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057781969.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4669155 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr8:4669221 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,A21,B95,C14,C4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781969.1PF00327
Ribosomal_L30 20-69 aa
XP_057781970.1PF00327
Ribosomal_L30 20-69 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781969.1 |
Pfam | PF00327 |
Ribosomal_L30 | Domain | 20 | 69 | 2.2e-17 | 63.3 | Ribosomal protein L30p/L7e |
XP_057781970.1 |
Pfam | PF00327 |
Ribosomal_L30 | Domain | 20 | 69 | 2.2e-17 | 63.3 | Ribosomal protein L30p/L7e |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。