当前解析结果
SmilChr08G000631| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000631 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000631 |
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4719396 - 4722517 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000207 |
|---|---|
| GeneID | 131000207 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000207 |
| 原始查询 | LOC131000207 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14 |
| 产物 | glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 14 |
| Arabidopsis | AT2G27500 (AT2G27500)Glycosyl hydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817295] identity=67.7; qcov=0.907; evalue=1.4e-173; confidence=high |
| Rice | Os04g0412300 (OSJNBa0073L04.8)- identity=62.3; qcov=0.968; evalue=4.62e-171; confidence=high |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00332 (Glyco_hydro_17) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000207 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057781976.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057781976.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057781976.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781976.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781976.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4720170 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr8:4720280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,D11 |
Chr8:4720310 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr8:4720456 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr8:4720570 |
T |
TGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 37 | A1,A19,A2,A3,A5,B101,B109,B113,B115,B120,B127,B136,B15,B20,B34,B46,B60,B72,B74,B75,B79,B81,B87,B95,B97,B99,C11,C12,C16,C22,C23,C42,C66,C78,C82,C84,C86 |
Chr8:4720604 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A1,A19,A2,B101,B113,B115,B120,B127,B136,B15,B20,B46,B72,B74,B87,B88,B95,B97,B99,C11,C12,C16,C22,C23,C42,C66,C78,C8,C82,C84,C86 |
Chr8:4720640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr8:4720865 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr8:4720898 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B28,B31,B91,C71 |
Chr8:4720946 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr8:4721087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,B93 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781976.1PF00332
Glyco_hydro_17 24-340 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781976.1 |
Pfam | PF00332 |
Glyco_hydro_17 | Domain | 24 | 340 | 7.7e-85 | 285.9 | Glycosyl hydrolases family 17 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。