Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000632`

染色体: Chr08 坐标: 4725605-4732200 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000632`
名称	SmilChr08G000632
描述	protein transport protein SEC23 D
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	4725605 - 4732200 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000208`
GeneID	`131000208`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000208`
原始查询	`LOC131000208`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein transport protein SEC23 D
产物	protein transport protein SEC23 D
Arabidopsis	`AT2G27460` (AT2G27460) sec23/sec24 transport family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817291] identity=76; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0443300` - identity=67.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000149 (SNARE binding); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030127 (COPII vesicle coat); GO:0070971 (endoplasmic reticulum exit site); GO:0090110 (COPII-coated vesicle cargo loading)
KEGG	-
Pfam	PF04810 (zf-Sec23_Sec24); PF04811 (Sec23_trunk); PF04815 (Sec23_helical)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000208

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057781977.1`
2	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057781977.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.60000	`XP_057781977.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057781977.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057781977.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:4725719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:4725731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C43,C53
`Chr8:4725785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C43,C53
`Chr8:4727495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C73,D6
`Chr8:4727829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:4728074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:4728100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B53
`Chr8:4728115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,B76
`Chr8:4728862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:4729293`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr8:4729321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B88,B89,B99,C82
`Chr8:4731779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781977.1

747 aa

374

747

zf-Sec23_Sec24

Sec23_trunk

Sec23_helical

PF04810 zf-Sec23_Sec24 51-83 aa PF04811 Sec23_trunk 119-371 aa PF04815 Sec23_helical 497-609 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781977.1`	Pfam	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	Domain	51	83	6.6e-06	26.8	Sec23/Sec24 zinc finger
`XP_057781977.1`	Pfam	`PF04811`	Sec23_trunk	Domain	119	371	5.2e-26	92.4	Sec23/Sec24 trunk domain
`XP_057781977.1`	Pfam	`PF04815`	Sec23_helical	Domain	497	609	7.2e-16	58.6	Sec23/Sec24 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925994.1
GAAACCTCACTCATAAAAAAAACCTCGAATAAACCTCTCCCCAAATCACCATCAACCCGAATCCACAATGTCGGTCCGCCCGACGATGACCCGGTTCCCGGGCAACCCGGCGGAGCAGGAGGCGTGCGCCGTTCCGTGGGGCATGACGGTGGCGCCGTTCGCCGCCAAGGACGAGAACGGCATCGCGGCGGTGTACGGATCCGGCGGTGAGATGCTGCCGCGATGCGAGAATTGCTGGGCCTACTACAACACCTACTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000208
ATGTCGGTCCGCCCGACGATGACCCGGTTCCCGGGCAACCCGGCGGAGCAGGAGGCGTGCGCCGTTCCGTGGGGCATGACGGTGGCGCCGTTCGCCGCCAAGGACGAGAACGGCATCGCGGCGGTGTACGGATCCGGCGGTGAGATGCTGCCGCGATGCGAGAATTGCTGGGCCTACTACAACACCTACTGTGAGCAGGACCAGTGGTCGTGGGACTGCGCCCTCTGCGGCACCACCAACGGCCTCTCCACGCAATCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781977.1
MSVRPTMTRFPGNPAEQEACAVPWGMTVAPFAAKDENGIAAVYGSGGEMLPRCENCWAYYNTYCEQDQWSWDCALCGTTNGLSTQSIARYSLPQSCPENISSFIDLELPQEGSEEMQARPVYVAAVDLSSSEEFLELTKSALLAALEALGPGSLFGLATFSHKIGLYDVQGPIPVVKNVFIHPESLDNLTVELEDVMPLFSFLAPVDTYKDHIASALETLKPTTSWERTTAAGQGVDGVLLGGRGFGVAMEALLKYLGSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器