当前解析结果
SmilChr08G000635| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000635 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000635 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000635 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4742037 - 4743176 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000212 |
|---|---|
| GeneID | 131000212 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000212 |
| 原始查询 | LOC131000212 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0413100; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0413100; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G22390 (AT5G22390)FANTASTIC four-like protein (DUF3049) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832300] identity=30.6; qcov=0.965; evalue=1.6e-09; confidence=low |
| Rice | Os04g0413100- identity=43.8; qcov=0.365; evalue=6.8e-11; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF11250 (FAF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000212 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781984.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057781984.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057781984.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057781984.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057781984.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4742372 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B55 |
Chr8:4742458 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr8:4742626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C61 |
Chr8:4742703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr8:4742771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C20 |
Chr8:4742823 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr8:4742846 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781984.1PF11250
FAF 111-157 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781984.1 |
Pfam | PF11250 |
FAF | Family | 111 | 157 | 2e-21 | 76.6 | Fantastic Four meristem regulator |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。