当前解析结果
SmilChr08G000649| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000649 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000649 |
| 描述 | bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 4825508 - 4828619 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000225 |
|---|---|
| GeneID | 131000225 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000225 |
| 原始查询 | LOC131000225 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4B-like |
| 产物 | bifunctional nitrilase/nitrile hydratase NIT4B-like |
| Arabidopsis | AT5G22300 (NIT4)nitrilase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832290] identity=65.3; qcov=0.977; evalue=4.82e-165; confidence=high |
| Rice | Os02g0635200 (NIT1)- identity=68.9; qcov=0.951; evalue=3.59e-170; confidence=high |
| GO | GO:0000257 (nitrilase activity); GO:0006807 (GO:0006807); GO:0018822 (nitrile hydratase activity); GO:0051410 (detoxification of nitrogen compound) |
| KEGG | smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00795 (CN_hydrolase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000225 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057782005.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782005.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057782005.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782005.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782005.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:4825737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr8:4825822 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C76,D10 |
Chr8:4825833 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,B55 |
Chr8:4825933 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,B93,C33 |
Chr8:4825950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr8:4826005 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B104,B117,B137,C46 |
Chr8:4826014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,B106,B51,B61,C49 |
Chr8:4826048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,D10 |
Chr8:4826116 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr8:4826200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:4826385 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:4826403 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B56,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782005.1PF00795
CN_hydrolase 28-306 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782005.1 |
Pfam | PF00795 |
CN_hydrolase | Family | 28 | 306 | 7.2e-62 | 209.7 | Carbon-nitrogen hydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。