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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000661

染色体: Chr08 坐标: 4900058-4902172 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000661
名称SmilChr08G000661
描述uncharacterized SmilChr08G000661
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4900058 - 4902172 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000236
GeneID131000236
locus_tag-
NCBI NameLOC131000236
原始查询LOC131000236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=23.6; qcov=1; evalue=1.51e-08; confidence=weak
RiceOs02g0328500
-
identity=31.7; qcov=0.524; evalue=2.25e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000236

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782015.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782015.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782015.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782015.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782015.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4900446 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B117
Chr8:4900446 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B117
Chr8:4900805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B30,B47
Chr8:4900815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr8:4900818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B52,C41,C6,C75
Chr8:4900819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:4900820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B60,C42,C62
Chr8:4900826 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B72
Chr8:4900826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr8:4900844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,D11
Chr8:4900866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:4900906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926032.1
CGTGTTTGATTTGTTGGTATTGTTAAGCCCATTTAGCGAAACTCAAGGAAATAATAAGGCTAGTGGGCTGGTAGTGTTTCACTTGTCAGGCATTTGAAAACCCATATGTGACACACGATATATGGGCGCAGTGTTTGATAACAGCCCATCAGCATATTTAACAGCACGCGAAATGACAATTATAACCCCCTTGTTTTTTCTTAATTCCAAACCGGGCCAAGCCTTTCTCCCGCCGATGCGTGATTTTGGGAGGGAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000236
ATGAGTTCGCCACATCAAGGGAGCAGTGAGGCGGTTCGTACCCGTGTGAACAAAACGGATAAGACTCGCCGGACTTGGACCAGTAAAGAGGAGGAGACTCTCATTAGCTCACTGAAGGAATTGGTTGCTCAAGGCTGGAAGTCTGATAATGGCTTCAGAGGGGGCTATTTGAATAAGCTAGAGAACGCGATGAGGAGCGTGTTCCCCAACACGGACTTGAAAGGCGTTCCACACATTAATTCAAAGATATGCGCTTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782015.1
MSSPHQGSSEAVRTRVNKTDKTRRTWTSKEEETLISSLKELVAQGWKSDNGFRGGYLNKLENAMRSVFPNTDLKGVPHINSKICAWKKNYNSLLLILKVTGIGFNVHGDHTIDVTNEEWVQIVKRDSNATHMRYKSWPMLDAWKEVFGKDRATGDNAEDLMDAVTDMFRCNNTVQNTPVGDYHVELEDVLENEDVDENTSQFKKSEGTTSGAKKKRKERDDSGNVYELLREMSRTTKQSLESLGNRVGYEVDLGQARKEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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