Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000666

染色体: Chr08 坐标: 4920869-4923945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000666
名称SmilChr08G000666
描述NDR1/HIN1-like protein 10
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向4920869 - 4923945 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000238
GeneID131000238
locus_tag-
NCBI NameLOC131000238
原始查询LOC131000238

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NDR1/HIN1-like protein 10
产物NDR1/HIN1-like protein 10
ArabidopsisAT2G27260 (AT2G27260)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817268]
identity=39; qcov=1.03; evalue=5.85e-45; confidence=medium
RiceOs07g0531500 (P0681F05.132)
-
identity=31.3; qcov=0.629; evalue=8.46e-23; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF03168 (LEA_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782018.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782018.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782018.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782018.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:4922941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C78
Chr8:4922983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:4923256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:4923403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:4923427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:4923484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:4923574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:4923613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B1,B124,B15
Chr8:4923630 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr8:4923630 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr8:4923632 GGC * 2bp_deletion CDS_variant 1 C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782018.1
259 aa
N
1
130
259
LEA_2
C
PF03168 LEA_2 129-211 aa
XP_057782019.1
259 aa
N
1
130
259
LEA_2
C
PF03168 LEA_2 129-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782018.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 129 211 1.8e-07 32.2 Late embryogenesis abundant protein
XP_057782019.1 Pfam PF03168 LEA_2 Domain 129 211 1.8e-07 32.2 Late embryogenesis abundant protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093691.1
CCAAATCTCTTTACAGAGTTAACAGTCTTAACATAGTTAGCCTCAACGCCCAATTCCTCTCTCTCTCTCTCTCACTAAAAACAAGCTGAGTTGGTGCGATTTTTGATTCTCCGCCGACCTAGGAGAGAAACACGCGCCGCCGTGATTCCTGTAATGGACGACCGGAATCGGCCTGTGACAGGCTATCCCGCCCCAAATCCGCAGACAAACGGCTACTCAGCCACCGCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGGGAACCGCGTACCC...
XM_057926035.1
TGTCCCTCTCAGAATCGGAATAAATAATTGGCGATTAGCAAAAGATTAGAAAAATATTCCTTTTATATTTTTCGTCTTCACCCAAATCTCTTTACAGAGTTAACAGTCTTAACATAGTTAGCCTCAACGCCCAATTCCTCTCTCTCTCTCTCTCACTAAAAACAAGCTGAGTTGGTGCGATTTTTGATTCTCCGCCGACCTAGGAGAGAAACACGCGCCGCCGTGATTCCTGTAATGGACGACCGGAATCGGCCTGTGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000238
ATGGACGACCGGAATCGGCCTGTGACAGGCTATCCCGCCCCAAATCCGCAGACAAACGGCTACTCAGCCACCGCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGGGAACCGCGTACCCTTACGCCGCGGCGGCTCCTCCCCCCAGCGCCTACTACTACCAGAGCAACCCCTACCAGCAGCAGAACTACCAGTACGACGCCGAGTCGGTGCGCCGCGCCACCTGCCTCCGCCGCATCTTCGCCTTCGTGATCGGCCTCGTCGTCATCTTCGG...
LOC131000238
ATGGACGACCGGAATCGGCCTGTGACAGGCTATCCCGCCCCAAATCCGCAGACAAACGGCTACTCAGCCACCGCCGCGCCGCCGCCGCCGCCGGGAACCGCGTACCCTTACGCCGCGGCGGCTCCTCCCCCCAGCGCCTACTACTACCAGAGCAACCCCTACCAGCAGCAGAACTACCAGTACGACGCCGAGTCGGTGCGCCGCGCCACCTGCCTCCGCCGCATCTTCGCCTTCGTGATCGGCCTCGTCGTCATCTTCGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782018.1
MDDRNRPVTGYPAPNPQTNGYSATAAPPPPPGTAYPYAAAAPPPSAYYYQSNPYQQQNYQYDAESVRRATCLRRIFAFVIGLVVIFGTVTFIVWLVLRPQLPEFRVDSFSISNFTLSNDSLISFTSEIKLTARNPNKKMKLGYDHIETAIYYQSYSLSETTVAPFYQGTKNETSLTARFAAAGSFLEKAAVDGITGERGKNGNVNFNLRMLSRVRFEAKAWRTRRRFLKVFCGDLVLGLPTSGRSGVLTGGPRQCRVGI
XP_057782019.1
MDDRNRPVTGYPAPNPQTNGYSATAAPPPPPGTAYPYAAAAPPPSAYYYQSNPYQQQNYQYDAESVRRATCLRRIFAFVIGLVVIFGTVTFIVWLVLRPQLPEFRVDSFSISNFTLSNDSLISFTSEIKLTARNPNKKMKLGYDHIETAIYYQSYSLSETTVAPFYQGTKNETSLTARFAAAGSFLEKAAVDGITGERGKNGNVNFNLRMLSRVRFEAKAWRTRRRFLKVFCGDLVLGLPTSGRSGVLTGGPRQCRVGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器