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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000684

染色体: Chr08 坐标: 5083614-5086484 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000684
名称SmilChr08G000684
描述protein Asterix-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5083614 - 5086484 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000260
GeneID131000260
locus_tag-
NCBI NameLOC131000260
原始查询LOC131000260

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein Asterix-like
产物protein Asterix-like
ArabidopsisAT5G07960 (AT5G07960)
asterix-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830690]
identity=78; qcov=0.971; evalue=1.17e-51; confidence=high
RiceOs03g0756800
-
identity=71.9; qcov=0.932; evalue=3.39e-48; confidence=medium
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0045048 (protein insertion into ER membrane)
KEGG-
PfamPF03669 (ASTER)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057782051.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057782051.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057782051.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057782051.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782051.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5083850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B84,B97,C38
Chr8:5083894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:5086179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B17,B22
Chr8:5086181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B52,B56,B96
Chr8:5086262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782051.1
103 aa
N
1
52
103
ASTER
C
PF03669 ASTER 5-93 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782051.1 Pfam PF03669 ASTER Family 5 93 7.4e-35 119.5 PAT complex subunit Asterix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926068.1
TACAAAAAATTTATGTCTTTAAATATATATATATATATATTTTTTTTAACCACATTTTATTCGAAATACGAGAAACGAAAATGGATTGGGGATGGGCTGTGTTGGGCCTTTTCTTAAGTCAGATTGGGCCGTTTTTAATTTAATATCTTGGGCTTGTGTTTTCTTTTAAGAGTGGCTAAAACACTCCAGCTGTGGAAACACTCCAACACGGTCAGAGCAATGGCGTCGCAATCCAACGATCCGCGGCTACCATCGGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000260
ATGGCGTCGCAATCCAACGATCCGCGGCTACCATCGGCAGCGCGGCCGTACAAGGCACCGGTCGTCGTCCCGCAAGATCTTCCCGTCGACTACTCCGGCTTTATCGCCGTTGTGTTCGGCGTCTTTGGAGCCATGTTCCGGTACAAGCTTTGTTCGTGGCTCGCGATCATATTTTGCGCTCAGTCGCTAGCTAATATGAGGAATATCGAGAACGATCTCAAGCAGATCTCCATGGCTATGATGTTTGGTATCATGGGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782051.1
MASQSNDPRLPSAARPYKAPVVVPQDLPVDYSGFIAVVFGVFGAMFRYKLCSWLAIIFCAQSLANMRNIENDLKQISMAMMFGIMGLVTNYLGVGPRPSPKSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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