当前解析结果
SmilChr08G000684| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000684 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000684 |
| 描述 | protein Asterix-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5083614 - 5086484 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000260 |
|---|---|
| GeneID | 131000260 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000260 |
| 原始查询 | LOC131000260 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein Asterix-like |
| 产物 | protein Asterix-like |
| Arabidopsis | AT5G07960 (AT5G07960)asterix-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830690] identity=78; qcov=0.971; evalue=1.17e-51; confidence=high |
| Rice | Os03g0756800- identity=71.9; qcov=0.932; evalue=3.39e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0045048 (protein insertion into ER membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03669 (ASTER) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000260 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057782051.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057782051.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057782051.1 |
| 4 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057782051.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782051.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5083850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B84,B97,C38 |
Chr8:5083894 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:5086179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B119,B17,B22 |
Chr8:5086181 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B52,B56,B96 |
Chr8:5086262 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782051.1PF03669
ASTER 5-93 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782051.1 |
Pfam | PF03669 |
ASTER | Family | 5 | 93 | 7.4e-35 | 119.5 | PAT complex subunit Asterix |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。