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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000696

染色体: Chr08 坐标: 5168690-5173599 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000696
名称SmilChr08G000696
描述outer envelope protein 61
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5168690 - 5173599 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000272
GeneID131000272
locus_tag-
NCBI NameLOC131000272
原始查询LOC131000272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope protein 61
产物outer envelope protein 61
ArabidopsisAT5G21990 (TPR7)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832259]
identity=55.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0161000 (OJ1714_H10.131)
-
identity=45.8; qcov=0.998; evalue=5.19e-176; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000272

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 1.00000 XP_057782071.1
2 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.40000 XP_057782071.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782071.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782071.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782071.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5168924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B3,C27,C50,D7
Chr8:5168950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,C13,C63
Chr8:5169033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A20,B124,B138
Chr8:5169050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B124,B24,B97,C2
Chr8:5169290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A25,B10,B118
Chr8:5169884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:5170025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B25,B97,C38,C8
Chr8:5170158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C25,D10,D11
Chr8:5170295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B23
Chr8:5170454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A25,B10,B114,B118
Chr8:5171902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:5172133 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926088.1
TCTTTGTTTCTGGTCTGGTGGGCGTCCAACCAATTCAGACTTCCACTTTCTTTTTCTTTTTCCCAATTATTTTAATTCGTATCTATCTTCCTATTTAATTTAATTTAATATACAATAAAAATTCCCCAAACCGATCAACATTACAAATTCTGCTCCTACTAAAATTCCCCAAACCGATCAACGTTACAAATTCTGCTCCTACTAGATCCTTCTCATTCCAATTCTCATAACCCTAACAAAAGATCGCCCCGCAATTCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000272
ATGTTTAACGGAATGATGGATCCCGAATTGATAAGGATGGCTCAGGAGCAGATGAGTCGGATGTCGCCTGCTGAGTTGGCTCGGATTCAGCAGCAGATGATGTCCAATCCAGATTTAATGAGGATGGCAACTGAAGGCATGCAAAATTTGAATACTGAAGATTTCAAGCATGCTGCTGAGCAATTGAAACACACTCGTCCGGAGGACATGGCTGAGATTGGTGAGAAGATGGCAAATGCTTCACCTGAAGAGATAGCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782071.1
MFNGMMDPELIRMAQEQMSRMSPAELARIQQQMMSNPDLMRMATEGMQNLNTEDFKHAAEQLKHTRPEDMAEIGEKMANASPEEIAAMRARMDAQVSYEINGAEMLKKQGNELHNQGKFKLALEKYMRAKKNLKDIPTSKGRNILLACSLNMMSCYLKTKQYEECIGEGTEVLAYDAMNPKALYRRGQAYKELGKLGEAVSDLSKAHEVSLGDETIADSLRDAEERLNKEGGRPHSRGVVIEDITEEATVSSDNCENLNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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