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同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000700

染色体: Chr08 坐标: 5195316-5198008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G000700
名称SmilChr08G000700
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63330-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5195316 - 5198008 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000277
GeneID131000277
locus_tag-
NCBI 名称LOC131000277
原始查询LOC131000277

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63330-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63330-like
拟南芥AT3G22470 (AT3G22470)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821818]
identity=31.56; qcov=0.925; evalue=8.65e-106; confidence=low
水稻Os10g0495200 (Rf4)
-
identity=28.77; qcov=0.909; evalue=7.52e-88; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000277

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 线粒体 0.80000 XP_057782077.1
2 叶绿体 0.20000 XP_057782077.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5195754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:5195768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr8:5195778 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 A9
Chr8:5195778 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 A9
Chr8:5195823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr8:5195836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:5195881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B93
Chr8:5195926 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C71
Chr8:5195926 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C71
Chr8:5195928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr8:5195940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr8:5195956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782077.1
651 aa
N
1
326
651
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 64-91 aa PF12854 PPR_1 192-221 aa PF01535 PPR 198-225 aa PF13812 PPR_3 243-300 aa PF12854 PPR_1 251-281 aa PF13041 PPR_2 254-302 aa PF01535 PPR 258-287 aa PF13041 PPR_2 289-338 aa PF01535 PPR 292-319 aa PF17177 PPR_long 311-460 aa PF13812 PPR_3 312-369 aa PF01535 PPR 328-357 aa PF13041 PPR_2 328-372 aa PF12854 PPR_1 355-388 aa PF13041 PPR_2 359-408 aa PF01535 PPR 362-392 aa PF23276 TPR_24 364-426 aa PF13812 PPR_3 383-439 aa PF12854 PPR_1 390-423 aa PF13041 PPR_2 394-443 aa PF01535 PPR 397-426 aa PF12854 PPR_1 427-458 aa PF13041 PPR_2 429-478 aa PF01535 PPR 432-461 aa PF17177 PPR_long 447-544 aa PF12854 PPR_1 462-493 aa PF13041 PPR_2 464-512 aa PF01535 PPR 467-497 aa PF23276 TPR_24 469-545 aa PF13812 PPR_3 487-544 aa PF12854 PPR_1 495-528 aa PF13041 PPR_2 499-547 aa PF01535 PPR 502-532 aa PF12854 PPR_1 530-560 aa PF13041 PPR_2 534-583 aa PF01535 PPR 537-567 aa PF23276 TPR_24 552-643 aa PF13812 PPR_3 562-616 aa PF12854 PPR_1 565-597 aa PF13041 PPR_2 569-616 aa PF01535 PPR 572-602 aa PF13041 PPR_2 604-647 aa PF01535 PPR 607-637 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 64 91 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 192 221 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 198 225 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 243 300 2.1e-68 227.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 251 281 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 254 302 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 258 287 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 289 338 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 292 319 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 311 460 5.3e-34 118.2 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057782077.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 312 369 2.1e-68 227.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 328 357 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 328 372 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 355 388 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 359 408 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 362 392 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 364 426 1.1e-45 155.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057782077.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 383 439 2.1e-68 227.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 390 423 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 394 443 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 397 426 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 427 458 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 429 478 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 432 461 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 447 544 5.3e-34 118.2 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 462 493 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 464 512 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 467 497 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 469 545 1.1e-45 155.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057782077.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 487 544 2.1e-68 227.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 495 528 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 499 547 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 502 532 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 530 560 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 534 583 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 537 567 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 552 643 1.1e-45 155.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057782077.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 562 616 2.1e-68 227.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057782077.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 565 597 2.9e-126 411.5 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 569 616 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 572 602 1.8e-90 291.8 PPR repeat
XP_057782077.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 604 647 9.1e-176 570.7 PPR repeat family
XP_057782077.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 607 637 1.8e-90 291.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926094.1
ATCTATTACATAAAAGCCTAATATTCAGCAAGCATTAATATAGCAAAAAAAATGGCGAGAATTGAGGAAGGCGCAGCTGTGGAGCAGATGAAGTTGAATGCAGAGCTAAGAATGCGCATCGCCATCCAACATTTTTCATCCGAATAAGTCTTTAGCTTCTCAAGTCGTTGCGAATCTTGCGTTACTTGAATACTCTTGCTATTTATTTAACAATTCAAGTAACTCTTTCACAATTCAAACTTGCATTTCTCATCTTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782077.1_41066
ATGATCTTCCCAAGATTCTTCTCCAATTCTTCATTCAAATCCTTCCCTGCTTATCACTCTTTTCTTGTATCCCTATTCAATTTTCATAACATCACACACTTTTCAACCACACCCACATTCGATTCCAAGTCGCCCATCGCTCGATTTCACAAAATGGTGAAAACGCGGCCACGCCCTTCTGCTATTGAGTTCAATAACTTATTGACTGCTGCGGTGAAGATGGAACAATACTCTGTTGCCCTTCATATGTTCGACGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782077.1
MIFPRFFSNSSFKSFPAYHSFLVSLFNFHNITHFSTTPTFDSKSPIARFHKMVKTRPRPSAIEFNNLLTAAVKMEQYSVALHMFDEMLRRNAAADYCTFDIAITCFCRLQRADFGFAVLGSIFKRGYEPTVLTFRDLIHGLLLVGKSLDAATLLKRLLTEEWCKPDANTCLKMITMFSTPDMLSLLEKGRRKPHVYPYNPVIHCLCNDGMVDEALQLISVMNAENIFEMMRKGEMVEAQGLGILKLVVKSDIKPDITSYN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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