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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000723

染色体: Chr08 坐标: 5365655-5370692 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000723
名称SmilChr08G000723
描述probable diphthine methyl ester synthase
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5365655 - 5370692 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000293
GeneID131000293
locus_tag-
NCBI NameLOC131000293
原始查询LOC131000293

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable diphthine methyl ester synthase
产物probable diphthine methyl ester synthase
ArabidopsisAT4G31790 (AT4G31790)
Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829307]
identity=79.4; qcov=0.989; evalue=2.13e-165; confidence=high
RiceOs03g0355800
-
identity=73.7; qcov=0.996; evalue=1.9e-159; confidence=high
GOGO:0004164 (diphthine synthase activity); GO:0017183 (protein histidyl modification to diphthamide)
KEGG-
PfamPF00590 (TP_methylase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000293

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782114.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782114.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782114.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782114.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782114.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5365739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B12,B2,B95,C87
Chr8:5366384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B43,B48
Chr8:5366411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,D4
Chr8:5366460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:5366804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B36
Chr8:5367414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782114.1
275 aa
N
1
138
275
TP_methylase
C
PF00590 TP_methylase 1-241 aa
XP_057782115.1
275 aa
N
1
138
275
TP_methylase
C
PF00590 TP_methylase 1-241 aa
XP_057782116.1
275 aa
N
1
138
275
TP_methylase
C
PF00590 TP_methylase 1-241 aa
XP_057782117.1
275 aa
N
1
138
275
TP_methylase
C
PF00590 TP_methylase 1-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782114.1 Pfam PF00590 TP_methylase Domain 1 241 6.7e-24 85.7 Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases
XP_057782115.1 Pfam PF00590 TP_methylase Domain 1 241 6.7e-24 85.7 Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases
XP_057782116.1 Pfam PF00590 TP_methylase Domain 1 241 6.7e-24 85.7 Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases
XP_057782117.1 Pfam PF00590 TP_methylase Domain 1 241 6.7e-24 85.7 Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926132.1
CAATGATCCGATCACTGGCCTTGTCCGTCGAATCAGAGAGGTTGCTGTGCGTCGCAATGGGAGAATTTTGGTTCTGGGAAACGGTGGTGAAGCTGCGCAGTTTTCAAGGACTGATATGGCTGGCGTTGGATATTACTGAGTCTTGGCAGCGCCGCTTTCTGTCTCTCTCACTCACTCTCTCTCTCTCGTCTCCGGCCTCTCCGTGCCGCCGCCCTCGCCGGCTTGCTCAACCCTCTCGTCTTCCAGTTTCTCTCATTTCC...
XM_057926133.1
CAATGATCCGATCACTGGCCTTGTCCGTCGAATCAGAGAGGTTGCTGTGCGTCGCAATGGGAGAATTTTGGTTCTGGGAAACGGTGGTGAAGCTGCGCAGTTTTCAAGGACTGATATGGCTGGCGTTGGATATTACTGAGTCTTGGCAGCGCCGCTTTCTGTCTCTCTCACTCACTCTCTCTCTCTCGTCTCCGGCCTCTCCGTGCCGCCGCCCTCGCCGGCTTGCTCAACCCTCTCGTCTTCCAGTTTCTCTCATTTCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000293
ATGTTATACATAATTGGATTAGGGTTAGGAGATGAGAAAGACATCACACTAAGAGGGCTCGAGGCAATCAAGAAATGCAGTAAAGTTTATATGGAGGCCTACACTTCTCTCCTCTCCTTCGGCATCACCTCCGATGGCCTCTCGAAATTGGAAAAGGTTTATGGGAGACCTATAATTGTCTCAGACAGGGAAATGGTTGAGGAGAAGGCAGATGACATGCTGTTAGAAGCTCAGGTTTCTGATGTGGCATTTCTGGTCGT...
LOC131000293
ATGTTATACATAATTGGATTAGGGTTAGGAGATGAGAAAGACATCACACTAAGAGGGCTCGAGGCAATCAAGAAATGCAGTAAAGTTTATATGGAGGCCTACACTTCTCTCCTCTCCTTCGGCATCACCTCCGATGGCCTCTCGAAATTGGAAAAGGTTTATGGGAGACCTATAATTGTCTCAGACAGGGAAATGGTTGAGGAGAAGGCAGATGACATGCTGTTAGAAGCTCAGGTTTCTGATGTGGCATTTCTGGTCGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782114.1
MLYIIGLGLGDEKDITLRGLEAIKKCSKVYMEAYTSLLSFGITSDGLSKLEKVYGRPIIVSDREMVEEKADDMLLEAQVSDVAFLVVGDPFGATTHSDLVVRAKKLGVDIKVVHNASVMNAIGVCGLQLYRYGETISIPFFTETWKPDSFYDKIKRNRELGLHTLCLLDIKVKEPSLESLCRGKKVYEPPRFMTINTAIEQLLEVVQNHHDSAYNEDTTCVGLARVGCEDQMIVAGSMKQLLTIDFGPPLHCLVIVGDTH...
XP_057782115.1
MLYIIGLGLGDEKDITLRGLEAIKKCSKVYMEAYTSLLSFGITSDGLSKLEKVYGRPIIVSDREMVEEKADDMLLEAQVSDVAFLVVGDPFGATTHSDLVVRAKKLGVDIKVVHNASVMNAIGVCGLQLYRYGETISIPFFTETWKPDSFYDKIKRNRELGLHTLCLLDIKVKEPSLESLCRGKKVYEPPRFMTINTAIEQLLEVVQNHHDSAYNEDTTCVGLARVGCEDQMIVAGSMKQLLTIDFGPPLHCLVIVGDTH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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