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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001109`

染色体: Chr01 坐标: 22710281-22713043 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001109`
名称	SmilChr01G001109
描述	uncharacterized SmilChr01G001109
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	22710281 - 22713043 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000309`
GeneID	`131000309`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000309`
原始查询	`LOC131000309`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=37.2; qcov=0.175; evalue=1.42e-23; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=39.4; qcov=0.21; evalue=9.04e-33; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF30901 (PEG10-RTL1_C-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000309

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057782175.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057782175.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057782175.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782175.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782175.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:22710287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C45
`Chr1:22710289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	42	A11,A25,B103,B106,B107,B126,B127,B130,B16,B18,B41,B49,B60,B62,B63,B65,B66,B72,B75,B77,B81,B89,B93,B95,B99,C10,C11,C12,C14,C20,C27,C30,C31,C34,C42,C50,C56,C60,C69,C73,C83,D9
`Chr1:22710310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C16
`Chr1:22710326`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B15,B96
`Chr1:22710326`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B15,B96
`Chr1:22710335`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	58	A11,A22,A25,A4,B1,B103,B105,B106,B107,B111,B123,B126,B130,B135,B16,B18,B19,B40,B41,B54,B55,B60,B62,B63,B65,B66,B67,B71,B72,B75,B77,B81,B89,B93,B95,B99,C10,C11,C12,C18,C20,C21,C27,C30,C31,C34,C39,C42,C50,C56,C60,C61,C69,C73,C80,C83,C85,D9
`Chr1:22710337`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	67	A14,A16,A18,A20,A5,A7,A8,B10,B100,B101,B108,B109,B112,B114,B121,B128,B13,B133,B134,B136,B14,B15,B24,B31,B35,B4,B45,B47,B49,B5,B52,B6,B68,B73,B74,B79,B80,B82,B84,B90,B92,B98,C15,C16,C2,C23,C24,C28,C33,C36,C43,C46,C47,C49,C59,C6,C64,C66,C68,C71,C82,C85,D1,D2,D3,D6,D9
`Chr1:22710338`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	65	A14,A16,A18,A22,A25,A5,A7,A8,B101,B108,B109,B111,B112,B121,B126,B128,B13,B133,B134,B136,B15,B16,B18,B24,B31,B35,B47,B49,B5,B52,B60,B68,B73,B75,B79,B80,B82,B84,B90,B92,B93,B98,C11,C15,C16,C2,C20,C24,C30,C36,C39,C43,C47,C49,C59,C6,C68,C69,C71,C82,C85,D1,D2,D6,D9
`Chr1:22710346`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B110,B19
`Chr1:22710361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B140,D7
`Chr1:22710365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B96,C22
`Chr1:22710373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B96,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782175.1

738 aa

369

738

PEG10_N-capsid

PEG10-RTL1_C-capsid

zf-CCHC

RVT_1

PF03732 PEG10_N-capsid 5-81 aa PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid 92-165 aa PF00098 zf-CCHC 291-308 aa PF00078 RVT_1 574-629 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782175.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	5	81	1.6e-15	57.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057782175.1`	Pfam	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	Domain	92	165	5.3e-08	33.5	PEG10/RTL1, C-terminal capsid-like domain
`XP_057782175.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	291	308	0.00023	21.8	Zinc knuckle
`XP_057782175.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	574	629	5.7e-10	40.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926192.1
ATGACCATTCTCTCATTCCAAGGGAAGAACGAGCCAGAACTATATCTTGAGTGGGAGAGAAAGGTAGAGCTGTTATTTGATTGCCACAACTACTCCGAGCTCAAGAAGGTAAAGTTGGCAGCGATTAAGTTCGCAGATTACACACTTGTGTGGTGGGATCAACTGATTACGAGTAGAAGGAGAAACGGAGAGCCACATATTCAGACTTGGCAAGAGATGAAGGTGGTGATGAGGAAGCGTTTTTTGCCTAGTCATTACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000309
ATGACCATTCTCTCATTCCAAGGGAAGAACGAGCCAGAACTATATCTTGAGTGGGAGAGAAAGGTAGAGCTGTTATTTGATTGCCACAACTACTCCGAGCTCAAGAAGGTAAAGTTGGCAGCGATTAAGTTCGCAGATTACACACTTGTGTGGTGGGATCAACTGATTACGAGTAGAAGGAGAAACGGAGAGCCACATATTCAGACTTGGCAAGAGATGAAGGTGGTGATGAGGAAGCGTTTTTTGCCTAGTCATTACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782175.1
MTILSFQGKNEPELYLEWERKVELLFDCHNYSELKKVKLAAIKFADYTLVWWDQLITSRRRNGEPHIQTWQEMKVVMRKRFLPSHYYREQFNKLQNLKQGSRSVDEYYKEMEVAMIRANVVEDREATMARFLARLHWDIRDKVELQHYVELEDMVHMAIKIENQLKRRGSSGGTQRSTFSSGGNQRSTFSSGGNQRSTFSSGGNQKSNFSSGGNQRSTFSSGGNQRQSQSTPSSGGNQSQRQSSFSSGGNQNQSQSSFSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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