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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000733

染色体: Chr08 坐标: 5434141-5437195 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000733
名称SmilChr08G000733
描述uncharacterized SmilChr08G000733
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5434141 - 5437195 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000311
GeneID131000311
locus_tag-
NCBI NameLOC131000311
原始查询LOC131000311

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Fe(3+) dicitrate transport system permease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832231]; symbol=AT5G21070; hit=AT5G21070; species=arabidopsis; confidence=high
产物Fe(3+) dicitrate transport system permease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832231]; symbol=AT5G21070; hit=AT5G21070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G21070 (AT5G21070)
Fe(3+) dicitrate transport system permease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832231]
identity=90.6; qcov=0.982; evalue=4.99e-143; confidence=high
RiceOs01g0277700
-
identity=84.3; qcov=0.982; evalue=2.91e-134; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057782139.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057782139.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057782139.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782139.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782139.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5434688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C15
Chr8:5435468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:5435549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,C24,C61,C68
Chr8:5435750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926156.1
GGGCAGTGATGTCTTTATAACTTTGGTTGATGCATCTGCCTTTACCATATTTTGCACCTAAAAACGAAAATTGTAGTAATTCGGAAGGCATTTTCTCTCTCTACCTGAATCTGATCTCCCTGCAAAACAACTCTGTAAATCGTGTTATACATATGCACCGCAAAGTTGATTGAATTTTGTGAACTCGCGATCCAGGTTAAAGGTGAAGACAATAGGAAATGGAGGGCGGATTTACGGCGGAGGACTTGTCGACGATCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000311
ATGGAGGGCGGATTTACGGCGGAGGACTTGTCGACGATCGGCGGCATAGCCACCGTCTCGCTGCTGCACTCCTTCATCCCGACTCACTGGCTGCCGTTTTCCATTGTCGGCCGCGCTCAGAAATGGACGCTTTCTCGCACTCTTCTCGTTACTGCATTTGGAGCAGTATTGCATGTCCTGTCCACTTCGCTACTCGGCATAACAGCAGTCACCATAACAAACACTATAGCAGGAGAGGAAACTGTACATAAACTTGCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782139.1
MEGGFTAEDLSTIGGIATVSLLHSFIPTHWLPFSIVGRAQKWTLSRTLLVTAFGAVLHVLSTSLLGITAVTITNTIAGEETVHKLASLLLVFLGGGYIVLFLAGKGGHSHSHNQPMEKMAVAGLVLVPALSPCATTLPVFLAVGNSSSMMVLAIIVLLFSTITVMTSLVALSFYGASQLKFHWVERYDKLLVGSVLCLVGVLTLIFHDHDGEAGSTGEHLHRKIISL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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