Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000744`

染色体: Chr08 坐标: 5508959-5512857 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000744`
名称	SmilChr08G000744
描述	cyclin-dependent kinase C-2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5508959 - 5512857 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000323`
GeneID	`131000323`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000323`
原始查询	`LOC131000323`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cyclin-dependent kinase C-2-like
产物	cyclin-dependent kinase C-2-like
Arabidopsis	`AT5G10270` (CDKC;1) cyclin-dependent kinase C;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830891] identity=74.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0958000` (CDKC) - identity=75.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000307 (cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex); GO:0004693 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0008353 (RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity); GO:0032968 (positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000323

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782159.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057782159.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057782159.1`
4	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057782159.1`
5	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057782159.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5509210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr8:5509218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:5509269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B3
`Chr8:5509323`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,D11
`Chr8:5509368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:5509515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A3,B40,C45
`Chr8:5509635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B60,C38
`Chr8:5509756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,A23,B123,C4,C42
`Chr8:5511089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:5511240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr8:5511500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:5511666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782159.1

506 aa

253

506

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 25-324 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 27-253 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782159.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	25	324	4.7e-74	249.8	Protein kinase domain
`XP_057782159.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	27	253	3.2e-30	106.0	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926176.1
AACTTTTCTCTGAGCTTACTTTCCTAGAAATACTTTCCCAGTTTCCTTATTGGGTTGTTTAATTATTTTGAACTACTTTCTTCCTTACTTGTTCCACTTCCATTCGGCGCAAACCACCGCCTTGCGCCGCCGCAGATCGCCGACCCTCACCGTTGCCTCGCTCCTGGCGACATTTACACATAGTATTTTCTTTATATTTCACCCCGGAAAGAGCTGTTCTTTGTGAATTTTAGAAGAATCGAGAAGAAATTCGGGTTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000323
ATGGCGATAGCGGCGCCGGAGCAGCTAAACATTACAGAAATTCCGGCTTGGGGCTCTCGAAGTGTTGATTGCTTCGAGAAATTGGAGCAGATTGGTGAAGGAACTTATGGACAAGTTTACATGGCAAGAGAAATCAAAACAGGGGAAATTGTTGCTTTGAAGAAGATACGGATGGACAATGAAAGAGAAGGGTTCCCTATAACAGCCATCCGTGAAATTAAAATATTAAAGAAGCTTCACCATGAAAATGTCATCAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782159.1
MAIAAPEQLNITEIPAWGSRSVDCFEKLEQIGEGTYGQVYMAREIKTGEIVALKKIRMDNEREGFPITAIREIKILKKLHHENVIKLKEIVTSTGPEKDEQPAPDGNKYRGGIYMVFEYMDHDLTGLADRPGMRFSVPQIKCYMRQLLTGLHYCHVNQVLHRDIKGSNLLIDNEGNLKLADFGLARSFSSDHNANLTNRVITLWYRPPELLLGTTKYGPAVDMWSVGCIFAELLNGKPVFPGKDEPEQLNKIFDICGTPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器