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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000754`

染色体: Chr08 坐标: 5558196-5560120 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G000754`
名称	SmilChr08G000754
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5558196 - 5560120 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000333`
GeneID	`131000333`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC131000333`
原始查询	`LOC131000333`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A
拟南芥	`AT2G40830` (RHC1A) RING-H2 finger C1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818680] identity=45.91; qcov=1.0; evalue=9.94e-78; confidence=high
水稻	`Os03g0351800` (OsRFP) - identity=50.51; qcov=0.891; evalue=2.07e-92; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF14369 (Zn_ribbon_19); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000333

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞核	1.00000	`XP_057782177.1`
2	细胞质	1.00000	`XP_057782177.1`
3	细胞质基质	1.00000	`XP_057782177.1`
4	核质	0.40000	`XP_057782177.1`
5	核内小体	0.20000	`XP_057782177.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5558510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr8:5558678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C80
`Chr8:5558725`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B29
`Chr8:5558939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B53,C72,C80,D11
`Chr8:5558942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr8:5559115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr8:5559220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B82,C15
`Chr8:5559247`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	127	A1,A18,A19,A2,A20,A22,A25,A4,A5,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B106,B109,B110,B111,B115,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B126,B129,B130,B131,B134,B17,B18,B22,B24,B25,B26,B27,B30,B31,B34,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B48,B5,B56,B57,B58,B62,B65,B66,B70,B71,B74,B75,B76,B8,B80,B84,B87,B88,B89,B9,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C11,C12,C14,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C25,C3,C30,C34,C35,C37,C38,C39,C40,C44,C45,C48,C49,C51,C53,C54,C55,C59,C60,C61,C64,C66,C69,C70,C72,C73,C74,C75,C77,C79,C8,C81,C82,C83,C85,D1,D3,D4,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782177.1

322 aa

161

322

Zn_ribbon_19

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

PF14369 Zn_ribbon_19 6-37 aa PF13639 zf-RING_2 188-230 aa PF17123 zf-RING_11 189-216 aa PF00097 zf-C3HC4 189-229 aa PF13923 zf-C3HC4_2 189-229 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`XP_057782177.1`	Pfam	`PF14369`	Zn_ribbon_19	Domain	6	37	4.4e-11	43.4	zinc-ribbon
`XP_057782177.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	188	230	2.9e-13	50.5	Ring finger domain
`XP_057782177.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	189	216	5.7e-07	29.8	RING-like zinc finger
`XP_057782177.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	189	229	1.6e-06	28.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057782177.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	189	229	9.5e-09	35.6	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926194.1
ACCCCCAAATTCATTTTTTTAGTTGATTAATCGCTTTCACTTTTACGACTTTGTTTGCTTCGTACTTGGATTTTATTTTATTTTTCTTTCGTTGTTGGTGGAATTGTTAGGCGTGTTGTATGTCGGTTCGTGATTCAGATGGTTCTTGTTATTTGAAGAGGAATTAGTTGTGTGAGGCTTTTCCTGGAAGAAAGGAAAGAAAAATGATGTATGCAGTTATTGTGGGGAACTTAGGGTTACTGATGCTGGATTGCTGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782177.1_41157
ATGTCAAGTGGTGGAAACACTCATTGGTGCTACCAGTGCAGTCAGCCTGTACGACCTCAAGGCCGTAACTTGGTCTGCCCCTACTGTGATGGAGGCTTTATACAGGAGCTGCCCGAAGTTATGGGTGCTCACCCTGGTGATGGTTCTGGACTAGGTTTTATGGCTCCTTCGCAAGATCCGAGATTTGGTATTATGGATGCCTTTGCTGCCCTAATGAGGCATAGGATGATAGGAAGGGACCCAAACTTTGATGTCAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782177.1
MSSGGNTHWCYQCSQPVRPQGRNLVCPYCDGGFIQELPEVMGAHPGDGSGLGFMAPSQDPRFGIMDAFAALMRHRMIGRDPNFDVRGRPAMLSERSAGIGTRPPGQLLIFHGQSPVAVDPFDFFFSDGHGMGQRRADFGDIFMGHGLQELIEQLSMNDRRGPPPAPRSAIDAMPTIKISQRHLNTDAHCPVCQDKFELGTRARQMPCDHIYHSDCIVPWLVEHNSCPVCRVELPSLGSGNARSNWSQRAMNTSSSGGGGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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