当前解析结果
SmilChr08G000755| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000755 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000755 |
| 描述 | elongation factor 1-beta 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5563596 - 5565795 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000336 |
|---|---|
| GeneID | 131000336 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000336 |
| 原始查询 | LOC131000336 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | elongation factor 1-beta 2 |
| 产物 | elongation factor 1-beta 2 |
| Arabidopsis | AT5G12110 (AT5G12110)elongation factor 1-beta 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831084] identity=68.56; qcov=1.0; evalue=4.01e-97; confidence=high |
| Rice | Os07g0662500 (eEF-1beta')- identity=70.22; qcov=1.0; evalue=2.81e-93; confidence=high |
| GO | GO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0005853 (eukaryotic translation elongation factor 1 complex); GO:0006414 (translational elongation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00736 (EF1_GNE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000336 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057782182.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782182.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5563783 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C80 |
Chr8:5563813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,B101 |
Chr8:5563982 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr8:5564323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B24,B60,C77,C82 |
Chr8:5564865 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr8:5565291 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr8:5565463 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782182.1PF00736
EF1_GNE 134-221 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782182.1 |
Pfam | PF00736 |
EF1_GNE | Domain | 134 | 221 | 7.8e-32 | 110.0 | EF-1 guanine nucleotide exchange domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。