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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000777

染色体: Chr08 坐标: 5731069-5732410 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000777
名称SmilChr08G000777
描述bZIP transcription factor 53-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5731069 - 5732410 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000358
GeneID131000358
locus_tag-
NCBI NameLOC131000358
原始查询LOC131000358

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bZIP transcription factor 53-like
产物bZIP transcription factor 53-like
ArabidopsisAT3G62420 (BZIP53)
basic region/leucine zipper motif 53 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825415]
identity=56.4; qcov=1.01; evalue=3.05e-50; confidence=medium
RiceOs12g0560900 (OsOBF1)
-
identity=48.5; qcov=0.935; evalue=2.97e-34; confidence=medium
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782213.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782213.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782213.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782213.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782213.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5731744 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B107,B17,B21,B29,B75,B80,C21,C57,C86,D8
Chr8:5731773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,B88
Chr8:5731800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr8:5731827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5731840 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A10,A18,A19,B10,B101,B125,B2,B56,B64,B65,C16,C54
Chr8:5731845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B21,B59,C21
Chr8:5731959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5731977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:5732097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782213.1
139 aa
N
1
70
139
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 16-63 aa PF00170 bZIP_1 18-68 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782213.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 16 63 4e-06 27.5 Basic region leucine zipper
XP_057782213.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 18 68 1.1e-08 35.8 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926230.1
AATTTCTACAATCCGAAATCACTTCCTCGCTCCTATAAATACCCCCACTCTCACCCTTTAAAACCTTCTTTTCAGCGATTTCTACAGGCCCCCGCAAGATTGTTTTTGGCGTCTGAATTCCGCTCCGAAATCGGTTCTAGGTCATTTTCGTTCTTTTATTTGTGAATTTTGGACTACCAAATTAATAAATTGGATTCCAAACCCTAGCTTCCATGTTTCCGATCCCTCCGTTTTTATGACGTGCCCCATCTTGATGCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000358
ATGGCTTTGAAGCAGCAGCAGCCAGCGAGTCCTGGTTCCGATGGGGACGAGAGGAAGAGGAAGAGAAAGCTGTCTAACCGTGAATCTGCACGACGGTCGCGGATCAGGAAGCAGCAGCATCTCGACGAACTGATCGCGCAAGAGCAGAAGATGCTCGAGGAAAACAAGAAGCTGAGGGAGATGATCGATGGCGCCTCCCAGCTCTACCTCAACTTTGCATCCGAGAACAACGTGCTGAGGGCTCAGGTGTCCGAGCTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782213.1
MALKQQQPASPGSDGDERKRKRKLSNRESARRSRIRKQQHLDELIAQEQKMLEENKKLREMIDGASQLYLNFASENNVLRAQVSELTDRLRSLNSVLQIASEVSGFAFDIPDIPDTLLEPWQLPCPVHPIPASVDMFQY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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