当前解析结果
SmilChr08G000786| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000786 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000786 |
| 描述 | probable WRKY transcription factor 35 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5798631 - 5800246 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000368 |
|---|---|
| GeneID | 131000368 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000368 |
| 原始查询 | LOC131000368 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable WRKY transcription factor 35 |
| 产物 | probable WRKY transcription factor 35 |
| Arabidopsis | AT4G01250 (WRKY22)WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827896] identity=39.2; qcov=0.866; evalue=4.91e-35; confidence=medium |
| Rice | Os04g0597300 (OsWRKY37)- identity=62.1; qcov=0.424; evalue=9.72e-35; confidence=low |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000368 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782223.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782223.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782223.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782223.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782223.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5799063 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B99 |
Chr8:5799063 |
AGT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr8:5799801 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B122 |
Chr8:5799801 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr8:5799923 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,B76,C11 |
Chr8:5800003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:5800061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B44,C15,C26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782223.1PF03106
WRKY 48-105 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782223.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 48 | 105 | 1.4e-25 | 89.9 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。