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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000791

染色体: Chr08 坐标: 5830653-5832824 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000791
名称SmilChr08G000791
描述uncharacterized SmilChr08G000791
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5830653 - 5832824 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000374
GeneID131000374
locus_tag-
NCBI NameLOC131000374
原始查询LOC131000374

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057782230.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057782230.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5831710 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 7 B111,B120,B61,C14,C3,C35,C37
Chr8:5831723 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B111,C14,C3,C35,C37
Chr8:5831723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,C14,C3,C35,C37
Chr8:5831724 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B111,C14,C3,C35,C37
Chr8:5831724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,C14,C3,C35,C37
Chr8:5831729 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 27 A15,A16,A25,B110,B16,B18,B21,B26,B3,B51,B61,B69,B70,C10,C20,C26,C30,C44,C49,C62,C71,C75,C76,C8,C81,C83,D2
Chr8:5831747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr8:5831753 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 96 A1,A10,A20,A4,A7,A8,B1,B102,B103,B105,B109,B111,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B125,B132,B134,B139,B140,B15,B16,B18,B20,B24,B25,B3,B30,B31,B34,B36,B37,B42,B43,B44,B52,B54,B57,B58,B60,B61,B64,B66,B67,B68,B70,B71,B76,B80,B81,B84,B85,B86,B89,B91,B93,B95,B97,C15,C16,C17,C19,C2,C24,C27,C3,C30,C31,C34,C37,C38,C40,C44,C46,C48,C51,C53,C54,C57,C59,C7,C71,C72,C74,C8,C81,C82,C86,D11,D3,D5,D6,D7
Chr8:5831755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,C10,D2
Chr8:5831761 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 18 A15,A25,A6,B16,B18,B21,B3,B51,B61,B69,C26,C44,C49,C62,C71,C75,C76,C81
Chr8:5831796 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr8:5831796 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926247.1
GAACACACCAAAATAATTCTTCAACTCAATATCGGCTCTTCTTTGTAAGTCTTAATTAGTATTTCTTTGCAAATTCATATATATGAACTACTCCTTATATATACATATATAATTATTTTGATTTGTTTTCATCATTTCTCTGAATTGGCTCATCACTTTAATATCGCTTGCGACATTTCGGTAAGCATGCATATTAATACCAAACTATTTTCTATAAACAACCATATATTATACTCGCCCCTTCCTCAACAATAGTTTCT...
XM_057926248.1
GAACACACCAAAATAATTCTTCAACTCAATATCGGCTCTTCTTTGTTAAAGATATATGGCAACAACTCTGGTGGACAGACGCAATTCCAGGTTCATTGTGGTGAAATCAAAAGCATATAGTGATAAAGGGCATGCATACTTCAAGGCAGAGGGCAGTGGTGGTGGGTCCGTAGTTCTGGGTGAAGCCGACGCGTTCAGCACGCTCGTGAAGATGGAGGCCGAGCGATCAACGAGCGACAAGCAAATACATCAGCCTGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000374
ATGTATAATTACTGGACAGTAGACTATTGTGTTAATTCGTGGATGGATATATGCTCTTTAAGTGGGTACAATCAATTCTGGCCGGTCAAATCGACGAAAACTCGATCGCCCTCCGCAGCAATTGATAACAACAACTTCTGCCGGCGTCTCACCGTCGATGGTGATGGTGTGCCGGATGGTCTGAGCGCGTCTGCTCCCACAATCACAAAGGATGCAATAATGCAGGTGCAAGAACTAGTGCTGGATAGGAAGATGAGCAA...
LOC131000374
ATGTATAATTACTGGACAGTAGACTATTGTGTTAATTCGTGGATGGATATATGCTCTTTAAGTGGGTACAATCAATTCTGGCCGGTCAAATCGACGAAAACTCGATCGCCCTCCGCAGCAATTGATAACAACAACTTCTGCCGGCGTCTCACCGTCGATGGTGATGGTGTGCCGGATGGTCTGAGCGCGTCTGCTCCCACAATCACAAAGGATGCAATAATGCAGGTGCAAGAACTAGTGCTGGATAGGAAGATGAGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057782230.1
MYNYWTVDYCVNSWMDICSLSGYNQFWPVKSTKTRSPSAAIDNNNFCRRLTVDGDGVPDGLSASAPTITKDAIMQVQELVLDRKMSNVKYQMEYGRIFNEQPYLAGSSKLTNNLDEEASMAVSITYADEMTSTFTGGFSLTGGCFRLYRSWRSLHRESNDYSQLLRNCDVRVGH
XP_057782231.1
MYNYWTVDYCVNSWMDICSLSGYNQFWPVKSTKTRSPSAAIDNNNFCRRLTVDGDGVPDGLSASAPTITKDAIMQVQELVLDRKMSNVKYQMEYGRIFNEQPYLAGSSKLTNNLDEEASMAVSITYADEMTSTFTGGFSLTGGCFRLYRSWRSLHRESNDYSQLLRNCDVRVGH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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