当前解析结果
SmilChr08G000794| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000794 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000794 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP21-4 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5839676 - 5842625 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000378 |
|---|---|
| GeneID | 131000378 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000378 |
| 原始查询 | LOC131000378 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP21-4 |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP21-4 |
| Arabidopsis | AT3G66654 (AT3G66654)Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819847] identity=57; qcov=1.01; evalue=3.03e-90; confidence=high |
| Rice | Os07g0476500 (OsCYP21-4)- identity=54.9; qcov=1; evalue=2.84e-89; confidence=high |
| GO | GO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00160 (Pro_isomerase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000378 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057782234.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057782234.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057782234.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057782234.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782234.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5839973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr8:5840014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782234.1PF00160
Pro_isomerase 82-229 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782234.1 |
Pfam | PF00160 |
Pro_isomerase | Domain | 82 | 229 | 2.2e-35 | 123.0 | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。