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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000806

染色体: Chr08 坐标: 5934304-5935086 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000806
名称SmilChr08G000806
描述transcription factor UPBEAT1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5934304 - 5935086 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000387
GeneID131000387
locus_tag-
NCBI NameLOC131000387
原始查询LOC131000387

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor UPBEAT1
产物transcription factor UPBEAT1
ArabidopsisAT2G47270 (UPB1)
transcription factor UPBEAT protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819340]
identity=50.9; qcov=0.538; evalue=2.86e-13; confidence=low
RiceOs01g0630300
-
identity=48; qcov=0.472; evalue=5.08e-08; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000387

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782242.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782242.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782242.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782242.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782242.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5934508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:5934562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,C48
Chr8:5934572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:5934633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr8:5934637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:5934659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,B35,B74,C25,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926259.1
TATTGGCATATGTTATCCTCAATGTCTACCAACTCTGCCCCAAATGTCAAGTATTAAAAGCCTCACAAGCTAGACACCTGAATGACAACTGAGTTTCTTTCGACATCTCTCTCGCGCATTTTCACAAACACTTTCCGCGCTATTTTCGTTTTCCACCATGGCCGCTGCGAACTCGGTCCTCGACGACTGCGAACTCGCGATGCCGTTGTGCCGGAGCCGGAAGCTGCGGAGCGCGAGATGCAGAAACGGCGGCGCGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000387
ATGGCCGCTGCGAACTCGGTCCTCGACGACTGCGAACTCGCGATGCCGTTGTGCCGGAGCCGGAAGCTGCGGAGCGCGAGATGCAGAAACGGCGGCGCGGCGGTGATGATGCGGAGAGCGGAGCGGCGCCGCCGCGGCTCGCCGCGAAACGCAGTGGAGAGGAAGGTGAGGACGCTGAAGAAGCTGATTCCGAACTGCGAGTCGATGGGGGTGGAGCGGCTGTTCAGGGAGACGGCGGAGTATATCGTGGCGCTGCAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782242.1
MAAANSVLDDCELAMPLCRSRKLRSARCRNGGAAVMMRRAERRRRGSPRNAVERKVRTLKKLIPNCESMGVERLFRETAEYIVALQRRVKVMQTVVDALSSASDDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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