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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000807

染色体: Chr08 坐标: 5952650-5954251 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000807
名称SmilChr08G000807
描述WRKY transcription factor 23
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5952650 - 5954251 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000389
GeneID131000389
locus_tag-
NCBI NameLOC131000389
原始查询LOC131000389

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WRKY transcription factor 23
产物WRKY transcription factor 23
ArabidopsisAT2G47260 (WRKY23)
WRKY DNA-binding protein 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819339]
identity=41.8; qcov=1.19; evalue=1.46e-54; confidence=medium
RiceOs03g0758000 (OsWRKY3)
-
identity=81.2; qcov=0.284; evalue=7.41e-44; confidence=weak
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000389

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782245.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782245.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782245.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782245.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782245.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5953051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:5953159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B103
Chr8:5953271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr8:5953512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:5953784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,D3
Chr8:5953816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:5953820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782245.1
282 aa
N
1
141
282
WRKY
C
PF03106 WRKY 145-202 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782245.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 145 202 1.6e-27 96.2 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926262.1
CAAGTACACGAGCGAGAAGTAGCAACCAAAATATGGTGGGAAAAGGGAGAGAGCCTTTTTTTGCCGTAATCAGCTCATGTGTCAGTGGATCGCGTTCACACCATAACCGGCTTACCGGTCAAAACTACCGTTTGAATGTCTCCATTTAATGCCGCTGCTGCTCTCCTCTGCAACCGGCTACTCCCGGTCAACCTTCCTCTCCAAGCCTCTCTCATTACATAAATCCCCCAATCCCTCCACTCTCTATCCTTTCTCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000389
ATGGAAGATCCGTTCCCGTCGTCGCTGTCGTTCTTGGATCACTACACAGCGAGCGGTTGTACGTTGGCGGAGATGCTGGACTACTCCGACGAGAAGAGCAGCTCATTAGGGTTCATGGAGCTGCTGAATACGCAGGATCATTTCGCAGCTTTCGAGGAGGAGGTCGAGGATCCCTCGATCCATCCCAATCGGAATTCGTCGGAGGTGCTGAATGCGCCGCAAACGCCGAATTGCTCCTCCATTTCTTCGGAATCCAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782245.1
MEDPFPSSLSFLDHYTASGCTLAEMLDYSDEKSSSLGFMELLNTQDHFAAFEEEVEDPSIHPNRNSSEVLNAPQTPNCSSISSESSDGVKDERVNEEEDEEDEEEDDNDQKKKTSKQLKVKKTNQKKKREQRFAFMTKSEVDHLEDGYRWRKYGQKAVKNSPFPRSYYRCTNATCNVKKRVERSCADPSIVVTTYEGQHTHPSPQSLRPHAPPPPSYPGFSLNNQHQLMNYSLLVNGYMGGGGGGGGPQQLSFCSQSSPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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